其实主要要讲的不是用excel来做差异分析，只是想讲清楚差异分析的原理，用excel可视化的操作可能会更方便理解，而且想告诉大家，其实生物信息学分析，本来就很简单的，那么多软件，只有你理解了原理，你自己就能写出来的！
首先，还是得到表达矩阵，下面绿色的样本是NASH组，蓝色的样本是normal组
我们进行差异分析，很简单，就是看两组的表达值，是否差异，而检验的方法就是T检验。
=AVERAGE(D2:L2) ##求NASH组的平均表达量
=AVERAGE(M2:S2) ###求normal的平均表达量
=T2-U2 ##计算得到logFOLDchange值
=AVERAGE(D2:S2) ###得到所有样本的平均表达量
=T.TEST(D2:L2,M2:T2,2,3) ###用T检验得到两个组的表达量的差异显著程度。
简单检查几个值就可以看到跟limma包得到的结果差不多。
perl这个语言已经过时很久了，所以它的模块支持性能不是很好，暂时我只看到了对excel2003格式的表格的读取写入操作。
以下是我参考Spreadsheet::ParseExcel这个模块写的一个把excel表格转为csv的小程序，大家也可以自己搜索该模块的说明文档，这样学的更快一点！
[perl]
#!/usr/bin/perl -w
# For each tab (worksheet) in a file (workbook),
# spit out columns separated by ",",
# and rows separated by c/r.
use Spreadsheet::ParseExcel;
use strict;
use utf8;
use Encode::Locale qw($ENCODING_LOCALE_FS);
use Encode;
my $filename ="test.xls";#输入需要解析的excel文件名，必须是03版本的
my $e = new Spreadsheet::ParseExcel; #新建一个excel表格操作器
my $eBook = $e->Parse($filename); #用表格操作器来解析我们的文件
my $sheets = $eBook->{SheetCount}; #得到该文件中sheet总数
my ($eSheet, $sheetName);
foreach my $sheet (0 .. $sheets - 1) {
$eSheet = $eBook->{Worksheet}[$sheet];
$sheetName = $eSheet->{Name};
my $f1 = encode(locale_fs => $sheetName); #每次操作中文我都很纠结，还得各种转码
open FH_out ,">$f1.csv" or die "error open ";
next unless (exists ($eSheet->{MaxRow}) and (exists ($eSheet->{MaxCol})));
foreach my $row ($eSheet->{MinRow} .. $eSheet->{MaxRow}) {
foreach my $column ($eSheet->{MinCol} .. $eSheet->{MaxCol}) {
if (defined $eSheet->{Cells}[$row][$column])
{
print FH_out $eSheet->{Cells}[$row][$column]->Value . ",";
} else {
print FH_out ",";
}
}
print FH_out "\n";
}
close FH_out;
}
exit;
[/perl]