来自于Florian的博客: https://scientificbsides.wordpress.com/ Continue reading
Category Archives: 未分类
校正批次效应
但很多时候,数据分析者往往身不由己。 Continue reading
单细胞探索EMT中间态
把GDSC数据应用到GSE9782数据集
先了解背景知识:http://www.bio-info-trainee.com/3263.html 并且下载数据。
再探索并且完全理解GDSC数据背景: http://www.bio-info-trainee.com/3266.html
详细了解GDSC数据库
先了解背景知识:http://www.bio-info-trainee.com/3263.html 并且下载数据 Continue reading
使用CGP数据库的表达矩阵进行药物反应预测
发表这个算法的文章是:Clinical drug response can be predicted using baseline gene expression levels and in vitro drug sensitivity in cell lines 发表时间是:Genome Biology 2014 https://doi.org/10.1186/gb-2014-15-3-r47 Continue reading
使用GSVA方法计算某基因集在各个样本的表现
文章发表于2013年,GSVA: gene set variation analysis for microarray and RNA-Seq data 同样是broad 研究生出品,其在2005年PNAS发表的gsea已经高达1.4万的引用了,不过这个GSVA才不到300。 Continue reading
使用ESTIMATE来根据stromal和immune细胞比例估算肿瘤纯度
文章发表于 (2013).
“Inferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression data.”
Nature Communications doi:10.1038/ncomms3612.
ddseq单细胞转录组数据上游处理(2)-云平台illumina
云平台illumina能一家独大吗
先浏览:ddseq单细胞转录组数据上游处理(一)
因为要处理illumina的单细胞转录组数据,所以看了看其云平台:https://basespace.illumina.com/apps
琳琅满目,简单截图如下:
单细胞转录组探索CRC病人的一致性
单细胞转录组探索CRC病人的一致性
文章是:Reference component analysis of single-cell transcriptomes elucidates cellular heterogeneity in human colorectal tumors. Nat Genet 2017 May;49(5):708-718. PMID: 28319088 Continue reading
ddseq单细胞转录组数据上游处理(一)
赞!
下游分析其实跟产生单细胞转录组测序数据的protocol关系不大,反正都是表达矩阵,但是上游分析的表达矩阵如何获得,这个问题就很大程度上依赖于所采取的单细胞转录组技术了,是否使用spike-in,是否使用UMI, barcode策略是咋样的,等等,都需要考虑。
使用R包genefu来根据基因集进行表达谱分类
学习使用genefu
这个包,首先需要安装它!
了解5个乳腺癌表达数据集
第17周-文献分享-韩国人做的单细胞转录组在乳腺癌病人研究
单细胞转录组揭示乳腺癌病人异质性
单细胞转录组在癌症研究领域应用价值很大,包括:
- Non-invasive monitoring of circulating tumour cells
- estimation of tumour heterogeneity
- early detection of small numbers of recurrent tumours
- sensitive monitoring of rare cell populations Continue reading
第18周-nature-新的抑癌基因LHPP
新的抑癌基因LHPP
朋友推荐了一篇新文献,发表于2018的nature,文章是:The protein histidine phosphatase LHPP is a tumour suppressor 阐述了一个新的抑癌基因的发现及功能。
是 通过对Hepatocellular carcinoma (HCC) 研究发现的,很奇怪,都这个年代了,还能有新的抑癌基因出现,简单的在pubmed数据库搜索了一下,的确相关文章好少。
第16周文献阅读笔记-中国人群的乳腺癌研究
中国人群的乳腺癌研究
2018年在 Nature Communications 杂志上在线发表了题为“Characterization of PIK3CA and PIK3R1 somatic mutations in Chinese breast cancer patients”的研究论文。首次揭示了中国乳腺癌人群中PI3K/AKT信号的通路突变谱系特征.
磷酸肌醇3-激酶(PI3K)途径的失调有助于肿瘤的发展和进展。研究者确定PIK3CA(44%),PIK3R1(17%),AKT3(15%)和PTEN(12%)中的体细胞突变在中国乳腺癌患者中普遍且多样化,并鉴定出60个新突变。**高比例的肿瘤含有多个突变,特别是PIK3CA加PIK3R1突变(9.0%)。
单细胞转录组数据发oncotarget
单细胞转录组数据发oncotarget
文章发表于:Oncotarget. 2016; 7:66069-66076. https://doi.org/10.18632/oncotarget.11803 是深圳大学及其附属罗湖医院团队做的,在BGI测序是。题目是:Single-cell analyses of transcriptional heterogeneity in squamous cell carcinoma of urinary bladder 这篇文章就一幅图!!!而且是对一个病人拿的单细胞。 Continue reading
生活中有的是意外
明天和意外,哪一个先到来呢?
在运行picard的时候,总是报错,如下;
To get help, see http://broadinstitute.github.io/picard/index.html#GettingHelp
Exception in thread "main" picard.PicardException: Start on sequence 'chr10' was past the end: 133797422 < 133805459
从字面上很难理解, 我查看了一些,最新版的hg38基因组里面的10号染色体长度是133797422 ,那么为什么我的bed文件里面会超出呢?
对银屑病使用WES加上panel做GWAS
对银屑病使用WES加上panel做GWAS
这项研究2013年10月发表于Nature Genetics杂志,文章是 A large-scale screen for coding variants predisposing to psoriasis Continue reading
科学家成功构建膀胱癌类器官
科学家成功构建膀胱癌类器官
背景介绍
肿瘤类器官是近些年的研究热点,基本都是CNS文章,见:肿瘤类器官研究发展大事件 同样,今天要介绍的这篇文章发表于2018年的CELL杂志:Tumor Evolution and Drug Response in Patient-Derived Organoid Models of Bladder Cancer30297-6).