最近我们的学徒作业，都是以公众号推文的方式发布出来，希望更多人加入一起学习，前面两次的作业是：

• 写一个函数把基因集，写出成为gmt文件。详见： GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的
• 自行读取作者给出的Nanostring表达矩阵，做差异分析，然后跟作者的结果进行比较。 详见：Nanostring的表达矩阵分析也是大同小异
• 使用TCGA数据源，制作生存分析，看看显著与否！详见：并不是只有TCGA才有临床信息用来做生存分析

其中写一个函数把基因集，写出成为gmt文件，我看到学徒完成的作业惨不忍睹。

我给大家的参考答案

并不是最佳，但是够用了。

library(clusterProfiler)
data(gcSample)
names(gcSample)
file="sink-examp.txt"
gs=gcSample
write.gmt <- function(gs,file){
 sink(file)
 lapply(names(gs), function(i){
 cat( paste(c(i,'tmp',gs[[i]]),collapse='\t') )
 cat('\n')
 })
 sink()
}

write.gmt(gs,file)