节日的气氛不适合静下心来学习，追求完美的后果就是无限拖延，感谢公众号的机制是每日一发，生产力之王！阳历元旦节我摸鱼了一下2019年终总结：2019年终总结-如果我的优秀伤害到了你 其实也是因为在做总结的过程中，感觉每个细节都是可以无限扩展，追求完美的后果就是没有产出。
我现在才能理解，为什么那么多人答应了加入我们生信技能树的创作分享团队，但是最后却弃我而去。的确，坚持创作是一种勇气，走出第一步也是！希望你看到我这个不完美的2019总结，能鼓起勇气，加入我们。
写在前面
花了一个小时回顾了一下生信技能树的2019，成绩斐然，但是却并不是我个人想走的路，很奇怪哦，的确成就了很多人，偏偏漏掉了自己。
一些团队成就
获得中国最大互联网社群的认可，生信技能树是腾讯认证的年度最佳作者，排名前100哦！
生信菜鸟团的2019
思考问题的熊总结的太好了，点击阅读：【致敬生信菜鸟团年度硬核作者】 既有新人的成长蜕变，也有老鸟华丽转身背后的汗水！
但是做目录真的是太耗费时间了，所以生信菜鸟团家族在熊的带领下准备陆陆续续把教程搬家到语雀知识库，欢迎关注哈！https://www.yuque.com/biotrainee/weeklypaper
单细胞天地的2019
临时加上的栏目，感觉整理起来又是几个小时的工作量，大家自己去看目录：单细胞基因组学日：实践研讨会
全栈生信工程师B站74小时免费教学视频
话不多说了，我实在是想不通有什么不学这些视频的理由，耗费几千个小时系统性把自己的知识整理出来，就是希望所有人学会生物信息学技能！
- 一万人陪你学习GEO数据库挖掘知识（公益视频听课笔记分享）
- 公共数据库挖掘视频学习心得体会
- 生信小技巧系列第一季完结版视频教程学习笔记分享
- 人类全外显子测序数据分析视频教程学习笔记
- 全网第一个单细胞转录组数据分析实战视频教程(预售第二波通知)
- 生信工程师入门最佳指南(附赠长达74小时的视频指导)
- 给学徒ChIP-seq数据处理流程(附赠长达5小时的视频指导)
- 【资源分享】生物信息学编程实战（文末赠送120集工程师级别python视频教程）
- 悄咪咪的上线了TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）
- 视频高清低损压缩命令行实现方案推荐
- 赠送120集IT工程师级别python视频教程
- B站单细胞转录组视频课程学习者笔记全
- 单细胞转录组10X数据处理视频课程上游流程代码
- 单细胞基础视频课程结业考核20题
生信5周年分享会15个城市
从繁华的北上广深杭，到祖国西部的西安，西南地区的成都、重庆，从华北地区的天津、呼和浩特，再到华中地区的武汉、长沙、郑州等城市，跨越了2019一整年，还进入了生信这6年分享会，也去了广西南宁，江苏南京，福建福州。
其实每次分享，都提前一个星期在生信技能树公众号通知了大家，所以场场爆满，首先得为那些因为没有座位而不得不站一个半小时的粉丝们道歉！然后即使通知了，也是有很多朋友表示仍然是不得已或者不知情的错过了，只能是咱们的缘分不够。希望我们2020能见面！
往期演讲通知目录合辑，如果你参加了其中一个，希望可以前往对应的推文留言冒泡一下，时隔几个月后你回过头来看，是不是有什么想法，或者想对我说的话呢？
- 明天，北大见
- 生信五周年-广州站
- 生信五周年-深圳站
- 生信五周年-上海站
- 生信五周年-杭州站
- 生信五周年-郑州站
- 生信五周年-内蒙古站
- 生信五周年-西安站
- 生信五周年-天津站
- 生信五周年-武汉站
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然后演讲的PPT和视频素材在微云：https://share.weiyun.com/5NRQO8t 可以先下载，但是会持续不断更新哦。
其实就是介绍一下我自己及团队这些年做的工作，然后会尽量帮助大家开启R学习之旅（如果时间和人数允许的话） ，也会稍微介绍一点linux和NGS上游分析的（如果时间和人数允许的话） 主要是面向生信完全0基础，对生物信息学感兴趣的朋友， 来一次肯定不容易，希望你是有所收获的，可以呼朋唤友。
相关录屏也是在前面提到的微云里面啦，你可以收藏本推文，年后抽空再慢慢查看。
学徒培养
这个模式真的很有趣，但是我一直没有商业化运作，所以说，看缘分！
在线学徒长期作业
一般来说，发送简历给我，我觉得合适，会远程指导，因为大部分人不可能有机会全日制脱产一个月以上的时间来集中学习的！！！但是遇到学习的好苗子，作为老师的我其实是忍不住要指导你，因为这样是成就了我们双方。所以，如果你发现我非常热情，一定要逼着你学习，逼着你完成作业，其实可能是因为你有闪光点，适合学习！
我这边的远程学徒完成任务的笔记主要发布在生信菜鸟团周一专栏
- 1. 公共数据辅助乳腺癌的免疫治疗机制研究
- 2. 有生物学意义的复杂热图
- 3. 干扰MYC‑WWP1通路重新激活PTEN的抑癌活性——3步搞定GSEA分 析
- 4. 按基因在染色体上的顺序画差异甲基化热图
- 5. 热图、⻙恩图、GO富集分析图（有了转录组数据不知道该怎么写⽂ 章，看我就对了！）
- 6. 纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度
- 7. 肿瘤异质性+免疫浸润细胞数据挖掘(可能是Y简单的3分⽂章了)
- 8. ArrayExpress数据库的基因芯⽚原始数据处理，3D主成分图及聚类热 图
- 9. 学徒数据挖掘第⼆期汇总之多分组基因注释代码⼤放送
- 10. TCGA数据辅助甲基化区域的功能研究
- 11. 你确定你的差异基因找对了吗？
- 12. 看nature⽂章是如何设计和使⽤普通转录组数据
- 13. 不⼀定正确的多分组差异分析结果热图展现
- 14. 如果传统bulk转录组数据队列⾜够⼤也可以使⽤单细胞流程
- 15. 最简单的芯⽚挖掘也会出错(菜⻦团周⼀数据挖掘专栏第？期)
- 16. 乳腺癌的IHC分类和PAM50分型的差异情况
出师笔记
并不是所有在我这里脱产一个月以上学习郭的学徒都会用心对待出师任务，所以得到的笔记到也不多：
- 你可能不适合做人（学徒给我的6个暴击）
- 全基因组测序的7个概念（学徒翻译）
- 基因组中是否存在未被DNA测序覆盖的区域（学徒翻译）
- 九月学徒ChIP-seq学习成果展（6万字总结）（上篇）
- 九月学徒ChIP-seq学习成果展（6万字总结）（下篇）
学徒任务表
学徒不仅仅是在我这里学生物信息学相关知识，更重要的是能够筛选极少部分同样热爱知识整理和分享的小伙伴，所以我继续安排了一些学徒作业题：
- 学徒考核-计算wes数据的全部外显子的平均测序深度
- 为什么癌症病人据肿瘤单细胞水平的异质性但是细胞系没
- RNAseq数据，下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析
- GSE83521/GSE89143数据集-需去除批次效应
- GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的
- limma和edgeR对RNA-seq表达矩阵差异分析的区别
- 肿瘤外显子视频课程小作业
- 为什么不用TCGA数据库来看感兴趣基因的生存情况
如果看到这些习题的你也感兴趣加入我们的在线学徒列表，欢迎随机挑选一个作业尝试完成后，邮件汇报给我你探索的过程！我的邮箱 jmzeng1314@163.com
免费数据分析
还有可以帮忙给大家免费分析数据，我们推文里面提到的数据分析环节都是我非常有经验的， 对我来说是举手之劳，希望可以帮助到你！
- 转录组数据分析的4个维度认识（数据分析继续免费哦） RNA-seq数据的2个分组差异分析，热图，PCA图，火山图等等
- 根据感兴趣基因看肝癌免疫微环境的T细胞亚群差异 条形图或者箱线图
- 查看感兴趣基因的甲基化水平和RNA表达水平(数据分析免费做)相关性 散点图或者箱线图
- 我不相信kmplot这个网页工具的结果(生存分析免费做)
- 单基因GSEA分析策略（数据分析免费做活动继续）
发送数据分析要求，以及简短的项目描述到我的邮箱 jmzeng1314@163.com （活动时间仅限于春节前后一个月哈）
全国巡讲生信爆款入门课
良心课程，口碑爆棚！都不需要我来宣传了，每到一个城市，当地的小伙伴们宣传的比我还积极！纯友谊
- 生信技能树（爆款入门培训课）全国巡讲约你
- 生信技能树（爆款入门培训课）巡讲第一站-重庆 （已结束）
- 生物信息学全国巡讲之粤港澳大湾区专场 （已结束）
- 生信技能树（爆款入门培训课）巡讲第二站-济南 （已结束）
- 生信技能树（爆款入门培训课）巡讲-千呼万唤进北京（已结束）
- 生信技能树（爆款入门培训课）巡讲- 广州和上海（已结束）
- 中间省略12个城市！
- 生信入门课全国巡讲2019收官—长沙站 （已结束）
希望参加过我们课程的学员，现在也可以回想一下课后的几个月时间里你的成长情况，留言给我们一些反馈，课程设置或者授课技巧，学员回访等等，我们一起进步！
预告一下，2020我们会去，南昌，太原，海口，厦门，青岛，沈阳等城市哦，在学校门口等我们即可！
基于R语言的科研数据挖掘
用心打磨，气质初具，认真耕耘粤港澳大湾区科研市场，
也欢迎推荐给你认为人生值得提高的朋友加入学习：广州专场（全年无休）GEO数据挖掘课，带你飞（2.8-2.9）
学习小组之蛋白质组学
学习小组之表观调控
- 表观调控13张图之一证明基因干扰有效性
- 表观调控13张图之二相关性热图看不同样本相关性
- 表观调控13张图之三转录组非标准分析之MA图，logFC散点图，韦恩图
- 表观调控13张图之四peaks区域注释分类比例
第一届生信人才发展大会
第一届生物信息学人才发展论坛完美落幕，邀请嘉宾，宣传吸引参会者，准备线下场地物料，招赞助商等细节还历历在目：
- 第一届生物信息人才发展峰会诚邀演讲嘉宾及参会者
- 重磅来袭！第一届生物信息人才发展论坛豪华嘉宾阵容公布
- 生物信息人才发展论坛（第一波嘉宾豪华亮相！）
- 生物信息人才发展论坛（第二波嘉宾豪华亮相！）
- 生物信息人才发展论坛（第三波嘉宾豪华亮相！）
其实现在回想起来，还是是觉得很神奇，很意外，就这样成功的hold住了会议，而且还广受好评，非常多热心肠的观众受我们嘉宾的影响，急切的想分享自己的心得体会：
不知道第二届还办不办，很忐忑，大家现在应该是都忙着看春晚，跟家人团聚，也没有那么多精力细看
其它商业合作
多方位尝试，只为帮助有需要的人：
一些个人成就
逆向收费读文献社群
坚持了3年的逆向收费读文献社群应该是终止了，希望2020可以挑选200篇出来整理成册！
- 逆向收费读文献社群（第二年通知）
- 肿瘤数据分析文献大放送
- 重复一篇Cell文献的PCA图
- 预测BRCA基因功能缺陷的HRDetect基因集（逆向收费读文献）
- 多组学探索卵巢癌耐药（逆向收费读文献2019-14）
- scTrio-seq（逆向收费读文献2019-15）
- 小鼠TNBC模型（逆向收费读文献2019-16）
- 肾癌单细胞（逆向收费读文献2019-17）
- 在果蝇探索PRC复合物（逆向收费读文献2019-18）
- 重复一篇WGCNA分析的文章（解读版）（逆向收费读文献2019-19）
- 小鼠模型跟人类癌症差太大了（逆向收费读文献2019-20）
- ChIP‐Atlas（逆向收费读文献2019-21）
- 使用一些机器学习的指标把HCC病人分成2类逆向收费读文献2019-21）
- 两篇肝癌类器官研究分享（逆向收费读文献2019-23）
其它方向文献阅读笔记
- 100篇泛癌研究文献解读之APOBECs家族基因突变及表达量异常
- 100篇泛癌研究文献解读之同源重组修复通路
- 100篇泛癌研究文献解读之磷酸化相关点突变
- 100篇泛癌研究文献解读之激酶相关基因融合事件
- 100篇泛癌研究文献解读之使用EXPANDS和PyClone量化肿瘤内部异质性
- 100篇泛癌研究文献解读之核受体基因家族探索
- 100篇泛癌研究文献解读之上皮细胞-间充质细胞转化
- 100篇泛癌研究文献解读之肿瘤免疫浸润情况
- 100篇泛癌研究文献解读之ESTIMATE算法计算肿瘤纯度
那些没有完成的
网页工具相关
cytoscape用法100讲
不想整理了，太浪费时间~~~
实力演绎为什么不要追求完美，哪怕你交一个草稿，也比什么都没有来的好。
把这句话送给我几十个学徒，几百个学员，几千个微信好友，几万个粉丝！十几万生信工程师！