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生信菜鸟团_19_周日-鲍志炜的目录

我特别喜欢生信菜鸟团专栏作者的模式,可以让我学到很多知识,我一直强调一个人的力量实在是有限的,哪怕是我这样有着非凡天赋以及远超常人的毅力,也只能是在过去的五年里完成1.3万篇教程,涵盖生物信息学的176个分析要点。但是生物信息学受生物学拖累,这个21世纪的学科,即使我如此努力,仍然是完成了不到1%的知识整理,如果没有团队, 我们的生信技能树计划估计在我有生之年是看不到完成的希望了。 Continue reading

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拟时序分析的热图提取基因问题

昨天我在单细胞天地讲解了使用monocle2进行拟时序分析的方法,基本上跟着我的代码走一波就可以学会了,当然具体参数理解需要自行发力哦,见:使用monocle做拟时序分析(单细胞谱系发育) 用法只是最基础的知识而已,更多的时候,我们需要活学活用,比如课程学员提到的问题,就是因为做不到活学活用,他想知道下面的拟时序分析的热图提取基因,学员把基因按照发育顺序绘制了热图,而这些基因被他分成了3组,想拿基因去做GO/KEGG等数据库进行功能注释,不知道如何获取基因名字。 Continue reading

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甲基化差异分析哪家强

前面我们介绍了一些背景知识,主要是理解什么是DNA甲基化,为什么要检测它,以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术。具体介绍在:甲基化的一些基础知识,也了解了甲基化芯片的一般分析流程
但是我留下了一个疑问给读者,就是甲基化信号值矩阵的差异分析策略抉择问题。而且甲基化信号值矩阵有3个层次的差异分析:DMP,DMR,DMB: Continue reading

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生信菜鸟团_19_周四目录

我特别喜欢生信菜鸟团专栏作者的模式,可以让我学到很多知识,我一直强调一个人的力量实在是有限的,哪怕是我这样有着非凡天赋以及远超常人的毅力,也只能是在过去的五年里完成1.3万篇教程,涵盖生物信息学的176个分析要点。但是生物信息学受生物学拖累,这个21世纪的学科,即使我如此努力,仍然是完成了不到1%的知识整理,如果没有团队, 我们的生信技能树计划估计在我有生之年是看不到完成的希望了。 Continue reading

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加拿大生物信息学研讨会

今晚我们生信技能树的学习大使《二货潜》神神秘秘的甩给我一个GitHub资源链接,里面有一份非常好的数据分析学习资料:加拿大生物信息学研讨会,而且笃定我们生信技能树以前没有分享过。确实我在生信技能树写了1.3万篇教程,还真记不清楚我以前有没有分享过。但是最近我们就分享过两个类似的资源Continue reading

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即使你想研究的物种没有参考基因组也可以做单细胞转录组

这两天在筹备给中科院上海生化细胞所曾安研究组招聘生物信息学相关人才,就跟曾老师多聊了几句(画外音,很多人也喊我曾老师,感觉两个曾老师聊天有点诡异),尤其是他2018年cell的单细胞转录组文章,关于涡虫(planarian),我看到了同一时间段,在science居然也有两个研究涡虫(planarian)的单细胞转录组文章,有点意思。 Continue reading

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单细胞转录组项目你首先要说清楚几个样品多少测序量

本文首发在单细胞天地:https://mp.weixin.qq.com/s/rKutyuaf2PG-m8TpVZjGXQ
因为单细胞目前比较贵,单个10x样本还是在3万左右的费用,大多数课题组就是想尝个鲜,不会测太多样本。如果你看完目前的近1000篇10x单细胞转录组文章就很容易发现规律,从2017到2020,样本量要求是越来越多了,而且想发CNS级别文章,样本数量也要上得去。 Continue reading

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单细胞转录组数据处理之上游分析流程

本文首发在单细胞天地公众号:https://mp.weixin.qq.com/s/-h2Qr7oVN93Z0JlVOO4uZA

如果你想亲手分析自己的数据,生信技能树联合单细胞天地也推出了:7个小时的单细胞转录组视频课程(限时免费) 足足7个小时,34集,涵盖了单细胞转录组背景知识以及数据处理的知识体系,希望能够帮助到你的课题哦! Continue reading

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单细胞课程免费大放送

生信技能树联合单细胞天地也推出了:7个小时的单细胞转录组视频课程(限时免费) 足足7个小时,34集,涵盖了单细胞转录组背景知识以及数据处理的知识体系,但视频录制是两年前了,考虑到单细胞领域翻天覆地的变化速度,很多新分析方法,新的R包出来了,非常有必要推送一些新资料给到大家。当然了, 大体分析策略仍然是有效的。 Continue reading

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2008年的癌症panel测序研究重要图表,现在一个maftools全部搞定

看到发表在nature的 Article | Published: 23 October 2008 ,文章标题很简单,是: Somatic mutations affect key pathways in lung adenocarcinoma ,NGS领域以及TCGA计划新秀,大名鼎鼎的Li Ding 是这篇文章的一作。现在如果你检索一下肺癌相关肿瘤外显子研究的话,简直不要太多,肺鳞癌以及肺腺癌都是。 Continue reading