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给大家的表观调控13张图视频及代码

本来是应该是发邮件给下面的这些资料到每个人,但是发了200个后邮箱就被封了,要第二天才能继续。既然我们说好了圣诞节给到所有人,还是得说到做到,如果你没有看到本推文,我也爱莫能助。不过虽然你可能无法及时看到资料,剩余的两千多个邮箱地址,我会在接下来的十几天内分批次发放: Continue reading

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发表在NatureMethods的这款工具ExpressionBlast的价值被严重低估

最近看到朋友圈分享的推文里面的一篇文献里面提到了ExpressionBlast工具,主要是对基因表达差异分析结果进行注释
文章是2019年12月17日,cell子刊Cell Reports发表的研究“SIRT6 Promotes Hepatic Beta-Oxidation via Activation of PPARα”,论文证明长寿蛋白SIRT6在促进脂肪燃烧、调控肝脏脂肪代谢中起着重要作用。 Continue reading

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都不知道自己还有一本书

不知不觉两年多过去了,最近整理以前学习群记录发现了当初的宏伟计划,其中一个小成果是:生物信息学最佳实践–基础篇。图灵出版社的编辑鞭策我一年多了,还没有把它整理成为出版级别的质量,我也不知道为什么,也不知道问题出在哪里。(总之自己的精力被不喜欢的科研耗着了,我也很无语) Continue reading

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单细胞染色质开放区域测序技术被NIH的kejizhao承包了

最近听了南科大靳文菲老师演讲,其中一页PPT提到了他发表在[Nature.](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26605532#) 2015 Dec 的文章:Genome-wide detection of DNase I hypersensitive sites in single cells and FFPE tissue samples.就是单细胞染色质开放区域测序技术,我比较感兴趣就搜索了一下发现了一个很有趣的事实 Continue reading

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4千万科研经费告诉你什么是生物学研究的热点

据青塔公众号推文,近日,国家自然科学基金委员会更新了科学基金网络信息系统,公布了2019年国家自然科学基金重大项目的立项名单。2019年共有46个重大项目获资助(1个重大项目一般有3-5个课题),其中课题数共有201个,总资助经费8.86亿元。其中对我们单细胞天地公众号来说,感兴趣的就是单细胞相关课题了,如下: Continue reading

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部署shinyGEO

前面我们提到了在我们的shiny服务器部署一个RNA-seq下游分析网页工具,虽然说因为时间关系没办法给它写一步步教程,而且的确类似的工具也太多, 写教程的时间付出并不经济。那我们再介绍一个shinyGEO吧,跟前面的Shiny-Seq名字很相似,应该是主攻芯片数据分析,一个是主动测序数据处理,都是基于表达矩阵的。 Continue reading