十二 27

繁荣背后何尝没有隐患

R语言的繁荣是毋庸置疑的,至少在科研界的地位蒸蒸日上,极大的占领了原来属于各种商业绘图软件的市场。不仅仅是在于其免费的属性,更重要的是随心所欲地自由定制。

但是参与的玩家多了之后,也会出现一些冲突。最近在运行一些三五年前的代码报错了,引发了我的思考。

Continue reading

十二 27

单细胞图文复现之动脉组织细胞分类

又是老板扔来得一篇单细胞数据的文章!话不多说,撸起袖子加油干~

值得注意的是,我目前的水平只能是做到单细胞转录组数据的预处理,降维聚类分群。高阶分析还没有学到,不过隔壁《单细胞天地》有一个活动,感兴趣的可以参加一下:单细胞进阶数据分析技巧一网打尽,名额有限,大家赶快抢哈!

Continue reading

十二 27

常规转录差异建议都加上一个转录因子数据

常规的转录表达矩阵分析大家都应该是不陌生了,不管是芯片还是测序,最后都是表达矩阵走差异分析的流程。但这样仅仅是定位到基因集,生物学功能通路等等,如果讲一个完整的生物学故事有点单薄。以前我写过教程:基因集的转录因子富集分析,是一个算法层面的解决方案,不过在很多唯实验数据论的生物学家来看仍然是不够solid,其实可以加上一个真实的转录因子数据,我最近就看到了一个把转录组数据加上转录因子数据联合分析的非常好的文献。

Continue reading

十二 27

并不一定要单细胞转录组才能看肿瘤免疫微环境个细胞亚群比例

我注意到绝大部分肿瘤相关的单细胞转录组研究的落脚点都是在肿瘤免疫微环境个细胞亚群比例,包括 B细胞,T细胞,巨噬细胞,树突细胞等等,而且这些细胞亚群都是可以继续细分。但实际上在没有单细胞转录组数据这个技术之前,也是可以探测肿瘤免疫微环境个细胞亚群比例的,比如流式细胞仪。但是我查了一下,发现这个仪器还蛮贵的,比如一个招标信息《上海交通大学流式细胞分选仪,200万》:
Continue reading

十二 27

50余种非抗癌药物居然也能杀伤癌细胞

最近在Twitter看到新闻:https://www.biospace.com/article/almost-50-non-oncology-drugs-found-to-kill-cancer-cells/ , 很有意思,提到了MIT的broad研究所和哈佛的研究人员,测试了4518种药物在578个癌症细胞系的效果,然后发现了居然有50种药物虽然很明显并不是抗癌药物,但是杀伤癌细胞的效果出奇的好!

Continue reading

十一 22

10个细胞系仅1个表达你的基因

遇到了粉丝的一个超级好的问题:

感兴趣的一个基因A,研究它在10种乳腺癌细胞系中的表达情况,跑了western和qpcr 。 发现它只在一种乳腺癌细胞系中表达,其他9种都不表达。 结果是一致的,确认自己的实验没有问题! 现在都怀疑唯一有表达的那个细胞系是不是污染了??? Continue reading