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2019年9月份第1周(总第81周 -BGI丢在预印本的乳腺癌单细胞转录组研究

是深圳华大基因牵头的10X单细胞转录组测序项目,本研究关注的是乳腺癌病人的肿瘤微环境 的细胞类型,尤其是免疫细胞如何作用于癌症细胞。尤其关心那些与肿瘤病人预后或者治疗情况相关的肿瘤浸润性淋巴细胞,T细胞功能障碍(也被称作耗竭)在癌症中很常见,为了更好地理解T细胞功能障碍,通常需要分析肿瘤浸润性淋巴细胞(tumor-infiltrating lymphocyte, TIL),这个时候单细胞转录组技术就派上用场了。 Continue reading

十二 16

2019年1月份第1周(总第49周)单细胞转录组探索CAFs的功能和空间异质性

癌相关的成纤维细胞 CAFs,具有异质性,是TME中的重要细胞成分,分泌的特定细胞因子、炎症趋化因子及其它可溶性因子能够诱导减缓细胞循环的过程,从而影响肿瘤细胞的增殖;2018年12月的NC文章:Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibroblasts revealed by single cell RNA sequencing 使用成熟的单细胞转录组( Smart-seq2 )手段探索了癌相关的成纤维细胞 CAFs的功能和空间异质性。 Continue reading

十二 04

周末生物信息学培训班准备工作

第一个准备工作是安装必备软件,参考视频链接:https://share.weiyun.com/54W3N7A
第二个准备工作,看这2个小时的linux基础视频,我的范例见:http://www.bio-info-trainee.com/3573.html (请不要尝试安装双系统,安装Git软件就可以练习linux的命令)
第三个准备工作是看完这个10分钟测序原理视频:链接:https://share.weiyun.com/5dLV9A7 密码:wsstn9 Continue reading

十一 26

GTEx数据库-TCGA数据挖掘的好帮手

通常我们在挖掘TCGA数据库的时候,会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的,也就是说很多病人都不会有他的正常组织的转录组测序结果,比如说乳腺癌吧,1200个左右的转录组数据,其中1100左右都是肿瘤组织的测序数据,只有区区100个左右的正常对照。 Continue reading

十一 24

ATR基因增强S-G2有丝分裂检测点

保持遗传稳定性的两个关键机制包括DNA损伤修复 (调控基因组稳定性)以及有丝分裂检测点(调控染色体组稳定性)。
ATR蛋白是一个与ATM 相关的调控DNA损伤修复的主要蛋白激酶,在DNA复制过程中ATR的丢失会增加S期的基因组不稳定性并影响随后的有丝分裂。
FOXM1这个转录因子在大部分癌症是高表达的,也有文献表现它的高表达量加速了细胞分裂。 Continue reading