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基因长度之多少

基因长度之多少

无论RPKM或FPKM多么的遭人诟病,它的真实需求还是存在, 那么我们该如何合理的定义基因的长度呢?

这个时候需要理解:基因,转录本(transcripts,isoform,mRNA序列)、EXON区域,cDNA序列、UTR区域,ORF序列、CDS序列 这些概念,一个基因可以转录为多个转录本,真核生物里面每个转录本通常是由一个或者多个EXON组成,能翻译为蛋白的EXON区域是CDS区域,不能翻译的那些EXON的开头和结尾是UTR区域,翻译区域合起来是ORF序列,而转录本逆转录就是cDNA序列。 Continue reading

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费九牛二虎之力也无法重现的GSEA图

组会有同学分享了曹雪涛课题组的一篇Nature Medicine文章,其生物学机理探索非常详细,但是我注意到他们使用芯片技术仅仅是测了才4个样本,就区分成两种细胞,两种处理,也就是说根本没有生物学重复,我相信他们课题组应该是不差钱的,那很可能是他们并没有意识到NGS技术的重要性。 Continue reading

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2019年2月份第2周(总第54周)测173个成年人的大脑的102个基因

你现在看到的是文献俱乐部2019年笔记分享第一弹,我将会在春节7天连续分享,目录如下:

2019年1月份第1周(总第49周)单细胞转录组探索CAFs的功能和空间异质性

2019年1月份第2周(总第50周)异常CRC病人的突变时空异质性与免疫

2019年1月份第3周(总第51周)探索PDAC癌前病变

2019年1月份第4周(总第52周)TCGA计划的ATAC-seq数据发布

2019年2月份第1周(总第53周)胃癌类器官

2019年2月份第2周(总第54周)测173个成年人的大脑的102个基因

2019年2月份第3周(总第55周)2.5万汉族人的GWAS乳腺癌风险基因

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