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差异基因没办法富集到通路你就放弃了吗

我在生信技能树分享了一个教程:不要怀疑,你的基因就是没办法富集到统计学显著的通路,强调了大家做生物信息学数据分析的同时,一定要加强统计学基础,比如把差异基因集(500个左右的基因)富集到KEGG数据库通路,本质上就是对每个通路单独做一次超几何分布检验罢了! Continue reading

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比较不同的肿瘤somatic突变的signature

前面我们详细讲解过,sanger研究所科学家【1】提出来了肿瘤somatic突变的signature概念 ,把96突变频谱的非负矩阵分解后的30个特征,在cosmic数据库可以学习它。不同的特征有不同的生物学含义【2】,比如文章【3】 就是使用了 这些signature区分生存!主要是R包deconstructSigs可以把自己的96突变频谱对应到cosmic数据库的30个突变特征。 Continue reading

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10个小时搞定科目一

上周五在三亚摘完芒果就飞往上海见了一下学徒,本来计划是周一飞往山西太原,有意思的是他们防疫政策很高效,要求所有的广东人都需要做核酸检测以及隔离,我就呵呵一下,果断不去了。恰好我的教练发朋友圈说科目一考场开放了,就报名约考周三上午。这样我周一飞回去休息下,第二天有一整个白天时间备考科目一,完美! Continue reading

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这5个miRNA组成的肺鳞癌诊断基因集在tcga数据库能复现吗

最近看到某公司宣传他们的科研服务产品,是miRNA的芯片,而且文章居然是2011发表的,那个时候我还不知道生信是啥子。(我一直以为自己足够老了)

该研究使用的是 CapitalBio 平台 (CapitalBio 公司) 芯片,非常清晰的研究思路;