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Jimmy老师神机妙算,带我绕过R包安装的3大坑

以下笔记分享来自于2019-11月学徒:
最近在安装 FACETS 的包,一直报error,脑壳疼。网上各种方法都尝试了,根本没有用!!还好跟着生信技能树Jimmy老师的推文一个一个解决掉了,深切感受到了大神一句话,菜鸟跑半年!

1.下载

因为mskcc/pctGCdata这个R包在GitHub上面,有100多m,实在是太大了,用传统的方法根本下载不下来,还好科学上网之后,多次尝试手动下载到本地搞定了。 Continue reading

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转:心理学的166个效应大全

1阿基米德与酝酿效应
在古希腊,国王让人做了一顶纯金的王冠,但他又怀疑工匠在王冠中掺了银子。可问题是这顶王冠与当初交给金匠的一样重,谁也不知道金匠到底有没有捣鬼。国王把这个难题交给了阿基米德。阿基米德为了解决这个问题冥思苦想,他起初尝试了很多想法,但都失败了。有一天他去洗澡,一边他一边坐进澡盆,以便看到水往外溢,同时感觉身体被轻轻地托起,他突然恍然大悟,运用浮力原理解决了问题。不管是科学家还是一般人,在解决问题的过程中,我们都可以发现“把难题放在一边,放上一段时间,才能得到满意的答案”这一现象。心理学家将其称为“酝酿效应”。阿基米德发现浮力定律就是酝酿效应的经典故事。 Continue reading

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7个小时的单细胞转录组视频课程(限时免费)

终于做了这个决定,把我们的单细胞转录组视频课程限时免费!是真的免费,不玩虚的!
前天在生信技能树以及单细胞天地公众号及社区跟大家讨论了,开源一些视频,也为抗击SARS-CoV-2引起的急性呼吸疾病 COVID-19做贡献,毕竟 华清大学、京北大学联合发现:#学习R语言之数据挖掘可抑制新型冠状病毒#是目前有效的防范冠状病毒的手段之一。 Continue reading

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2020学习主旋律B站74小时免费教学视频为你领路

生物信息学必备计算机背景

书籍贪多不烂,必买工具书如下,每个读5遍以上,或者买同类书籍5本,总之想方设法打牢基础!

视频必须强推生信技能树近30万学习量的基础合辑:https://space.bilibili.com/338686099/#/ Continue reading

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不同时间点不同药物浓度不同细胞系的转录表达

看到数据集 GSE103115,是关于:Cisplatin-induced gene expression changes in triple-negative breast cancer (TNBC) cells,是4种三阴性乳腺癌细胞系的同一个药物的不同时间的转录表达水平效应,每个处理是2个生物学重复。这个数据集发表在Cell Rep. 2019 Aug ,题目是:Modeling of Cisplatin-Induced Signaling Dynamics in Triple-Negative Breast Cancer Cells Reveals Mediators of Sensitivity. 分析策略的确是蛮有意思的。 Continue reading

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单细胞大样本也不好发出去了

2013年,《Nature Methods》杂志将单细胞测序列为年度技术。
2013年,《Science》杂志将单细胞测序列为年度最值得关注的六大领域榜首。
与此同时,随着测序成本的下降,越来越多的单细胞的文章发表在顶级的期刊上,这些都表明单细胞测序已经成为科研的热点。 但是并不意味着冲向这个领域就有CNS,哪怕花了几百万经费测大量单细胞转录组数据。尤其是某些癌症领域,已经有了几十个单细胞相关研究发表,如果确实从实验设计和数据角度来看都平淡无奇,那么很可能大量单细胞的转录组数据也不是很好发出去。 Continue reading

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单细胞转录组数据分析大放价 (疫情期间不打烊)

2020年开局有点难,不知道是天灾还是人祸的新冠病毒疫情打的中小企业是措手不及。我五年前在深圳的同事,又在华大工作了三年,好不容易才找到机会回到家乡小城市且找到生信对口工作,兢兢业业工作了两年。贷款买房,结婚生子,昨天初为人父的他接到老板电话说要砍掉一半的工资,基本上等于变相逼他离职了。 Continue reading

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都2020年了你还在用tophat吗

五年前我在生信菜鸟团博客写过一个《RNA-seq流程需要进化啦》,上面分享过:

Tophat 首次被发表已经是6年前

Cufflinks也是五年前的事情了

Star的比对速度是tophat的50倍,hisat更是star的1.2倍。

stringTie的组装速度是cufflinks的25倍,但是内存消耗却不到其一半。 Continue reading