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为R包写一本书(像Y叔致敬)

最近收到粉丝求助,本来是询问富集分析的时候,我给的参考代码,为什么pvaluecutoff值和qvaluecutoff值设到0.9,其实是怕大家富集不到结果。然后Y叔在自己的微信公众号中提到“富集不到结果才是正确的结果”,采用了更加稳妥和可靠的方法来判断富集结果,而粉丝的数据在DAVID中能有结果,可在Y叔的包里,结果就少了一些,如何决定采取哪个?最后又讨论到DAVID结果可视化,网上资源少,他只能做成条图,需要我给指条方向! Continue reading

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探讨生物信息学本科教育

因为我们生信技能树的名声在外,很多以前一起探讨生物信息学数据分析技巧的朋友都陆陆续续博士毕业成为了各大高校的青椒(听说是比较凄惨的)了,也有很多朋友本来就是经验丰富的生物信息学本科专业班主任,推荐了不少学生关注我们生信技能树。 Continue reading

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如何理解circRNA

我前面提到过,如果你确实是第一次接触circRNA芯片数据,完全不用担心, 你只需要把它看作是你不知道基因名字的mRNA芯片,最后得到的各种各样的分析结果,只不过是以circRNA的ID来表示而已。 Continue reading

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基因类型注释根据基因ID就好了

生物信息学数据库种类繁多,其中基因ID是很多人比较困惑的,尤其是很多产品居然还不是基因ID的问题,比如表达芯片是探针,所以我策划了一系列ID转换教程,见文末!我的包里面有一个函数大家比较感兴趣,就是为什么可以根据基因ID拿到其染色体坐标呢?而且还可以得到其基因类型。 Continue reading

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海口三亚居然也有生信工程师岗位啦

刚刚看到生物信息学职业发展群有人转发了一个标题很有趣的招聘:招募生信人才,高薪,环境优美,远离雾霾。一般来说有后面的两个条件,高薪肯定是无从谈起,所以果断点开看了看。
居然是海南的招聘, 海口或者三亚地区的工作!作为海南大学毕业的我,还是有点感情的,略微搜索了一下有招聘需求的老师: Continue reading

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哈医大生信中心的脑瘤单细胞数据挖掘

本来是想搜索GBM单细胞数据,下载表达矩阵后完成群主(生信技能树创始人jimmy)的作业:为什么癌症病人据肿瘤单细胞水平的异质性但是细胞系没有 做成文章里面的热图。但是却搜索到了一个纯粹的单细胞数据挖掘文章,来自于哈医大生信中心,发表在Mol Oncol. 2019 Dec,题目是:Single-cell RNA-seq reveals the invasive trajectory and molecular cascades underlying glioblastoma progression. Continue reading