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Bowtie算法第六讲-tally法对bwt索引进行搜索
因为要讲搜索，所以我选择了一个长一点的字符串来演示多种情况的搜索 perl ro … Continue reading
Search Results for: bowtie
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Bowtie算法第五讲-index2tally
前面讲到了如何用笨方法进行字符串搜索，也讲了如何构建bwt索引，和把bwt索引还 … Continue reading
四
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Bowtie 算法第四讲
由于之前就简单的看了看bowtie作者的ppt，没有完全吃透就开始敲代码了，写了 … Continue reading
三
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自己动手写bowtie第三讲：序列查询。
查询需要根据前面建立的索引来做。 这是一个比较复杂的过程，我也是看了bowtie … Continue reading
三
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自己动手写bowtie第二讲：优化索引
其中第一讲我提到了一个简单的索引产生方式，因为是课堂就半个小时想的，很多细节没有 … Continue reading
三
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自己动手写bowtie第一讲：BWT算法详解并建立索引
首先，什么是BWT，可以参考博客 http://www.cnblogs.com/ … Continue reading
三
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bowtie简单使用
首先进入bowtie的主页，千万要谷歌！！！ http://bowtie-bio … Continue reading
八
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ChIP‐Atlas数据库网页工具-（2019年6月份）第21周（总第69周 ）
本次分享的文献发表了一个网页数据库，把其它数据库（GEO, ArrayExpre … Continue reading
五
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100篇泛癌研究文献解读之病毒感染及整合到肿瘤病人基因里
为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月 … Continue reading
十
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第44周-转录组和表观数据结合的典型例子
发表于Cancer Cell. 2018 Sep 10;文章是：Overcomi … Continue reading
十
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VCF格式文件的shell小练习
首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件，还有vcf文件
十
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sam和bam格式文件的shell小练习
首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件，代码如下： mk … Continue reading
十
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fasta和fastq格式文件的shell小练习
这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题： 下载bowtie2软件 … Continue reading
十二
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生信人的linux考试
linux都无法掌握，就 不要学生信了，没有意义，需要时间和努力才能掌握linu … Continue reading
十一
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生信技能树论坛-生信基础版块介绍-计算机基础
如果你是最近关注我们，你将又知道一个学习生信的好地方； 如果你是一直关注我们，你 … Continue reading
十一
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我是如何学习Gene Fusion分析的
我是如何学习Gene Fusion分析的 一、Fusion原理 基因融合（Gen … Continue reading
十一
02
一个植物转录组项目的实战
其实这个植物是拟南芥，所以跟人类研究的数据处理大同小异。 转录组 转录组测序的研 … Continue reading
十
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学员分享-Chip-seq 实战分析流程
Chip-seq 实战分析流程 本次实践是根据Jimmy 和洲更两位大神的笔记， … Continue reading
九
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生物信息学编程实战练习题大全
首先上目录：
三
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我测试了一下Jbrowse的安装及初步试用
前些天我们公众号元老，熊，投稿了关于Jbrowse的史上最全介绍，如下： 可能是 … Continue reading