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bowtie比对miRNA的reads时候参数的影响
有两个很重要的参数： -m，指定最大比对到基因组的次数（suppress all … Continue reading
Search Results for: bowtie
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为什么使用bowtie而不是bowtie2
昨天，我们在生信技能树讨论了miRNA-seq数据分析流程，并且提出来了一个问题 … Continue reading
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当年被拒稿的bowtie如今获得近1.5万的引用
做生物信息学的我们很难不认识bwa和bowtie了，可以说是短序列（reads， … Continue reading
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使用bowtie2和samblaster一步到位的干净比对
bowtie2 以前都是和samtools组合，如下： bowtie2 -x $ … Continue reading
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Bowtie算法第六讲-tally法对bwt索引进行搜索
因为要讲搜索，所以我选择了一个长一点的字符串来演示多种情况的搜索 perl ro … Continue reading
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Bowtie算法第五讲-index2tally
前面讲到了如何用笨方法进行字符串搜索，也讲了如何构建bwt索引，和把bwt索引还 … Continue reading
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Bowtie 算法第四讲
由于之前就简单的看了看bowtie作者的ppt，没有完全吃透就开始敲代码了，写了 … Continue reading
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自己动手写bowtie第三讲：序列查询。
查询需要根据前面建立的索引来做。 这是一个比较复杂的过程，我也是看了bowtie … Continue reading
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自己动手写bowtie第二讲：优化索引
其中第一讲我提到了一个简单的索引产生方式，因为是课堂就半个小时想的，很多细节没有 … Continue reading
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自己动手写bowtie第一讲：BWT算法详解并建立索引
首先，什么是BWT，可以参考博客 http://www.cnblogs.com/ … Continue reading
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bowtie简单使用
首先进入bowtie的主页，千万要谷歌！！！ http://bowtie-bio … Continue reading
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生物信息学软件工具的大致分类
生物信息学领域涉及到大量的不同种类的数据的分析和处理工作，因此这个领域就必然产生 … Continue reading
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featureCounts和DEXseq做基于外显子定量的可变剪切
前面我们在《生信技能树》已经是多次分享了变剪切相关教程:
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什么，你的转录组测序数据样本量不够？
曾经（大约是2010附近）普通的bulk的转录组测序跟如今的单细胞转录组一样火爆 … Continue reading
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都2021了仍然有人转录组走tophat加cufflinks流程
我在2015年逛biostar论坛的时候，看到了这样的表述： Tophat 首次 … Continue reading
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2021第一期生信入门微信群答疑精选200题
原文链接：https://docs.qq.com/doc/DSFdmRGR0SW … Continue reading
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ATAC-seq的经典差异分析
ATAC-seq的数据分析主要是检测信号峰值，就是peaks，不同样品的peak … Continue reading
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小鼠的13个不同组织器官的超10万个细胞才85个亚群（单细胞ATAC路在何方）
最近在有粉丝求助，他的scATAC-seq数据的分析，使用 scATAC pro … Continue reading
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吊打ChIP-seq的CUT&Tag技术
看到了发表于2020年8月的一个研究，标题是《Efficient chromat … Continue reading
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开局一个转录组，收获一篇science
很多人都说传统的bulk转录组测序“廉颇老矣”，急急忙忙转向了单细胞转录组这样的 … Continue reading