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当年被拒稿的bowtie如今获得近1.5万的引用
做生物信息学的我们很难不认识bwa和bowtie了，可以说是短序列（reads， … Continue reading
Search Results for: bowtie
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使用bowtie2和samblaster一步到位的干净比对
bowtie2 以前都是和samtools组合，如下： bowtie2 -x $ … Continue reading
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Bowtie算法第六讲-tally法对bwt索引进行搜索
因为要讲搜索，所以我选择了一个长一点的字符串来演示多种情况的搜索 perl ro … Continue reading
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Bowtie算法第五讲-index2tally
前面讲到了如何用笨方法进行字符串搜索，也讲了如何构建bwt索引，和把bwt索引还 … Continue reading
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Bowtie 算法第四讲
由于之前就简单的看了看bowtie作者的ppt，没有完全吃透就开始敲代码了，写了 … Continue reading
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自己动手写bowtie第三讲：序列查询。
查询需要根据前面建立的索引来做。 这是一个比较复杂的过程，我也是看了bowtie … Continue reading
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自己动手写bowtie第二讲：优化索引
其中第一讲我提到了一个简单的索引产生方式，因为是课堂就半个小时想的，很多细节没有 … Continue reading
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自己动手写bowtie第一讲：BWT算法详解并建立索引
首先，什么是BWT，可以参考博客 http://www.cnblogs.com/ … Continue reading
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bowtie简单使用
首先进入bowtie的主页，千万要谷歌！！！ http://bowtie-bio … Continue reading
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一周内搞定基于Linux的NGS上游分析
距离公布要带500个优秀本科生入门生物信息学的活动不到一个月，虽然真正入选不到一 … Continue reading
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服务器被关机，不妨试试看用你的Mac电脑跑NGS流程
前面我在生信技能树提到过：没有docker我真的不想动这样的生信软件，引起了很多 … Continue reading
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英国癌症中心的生信暑期学习班
相信TCGA和ICGC对搞癌症多组学研究的朋友们来说，应该是不陌生了： The … Continue reading
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即使你想研究的物种没有参考基因组也可以做单细胞转录组
这两天在筹备给中科院上海生化细胞所曾安研究组招聘生物信息学相关人才，就跟曾老师多 … Continue reading
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2020学习主旋律B站74小时免费教学视频为你领路
生物信息学必备计算机背景 书籍贪多不烂，必买工具书如下，每个读5遍以上，或者买同 … Continue reading
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都2020年了你还在用tophat吗
五年前我在生信菜鸟团博客写过一个《RNA-seq流程需要进化啦》，上面分享过： … Continue reading
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lncRNA芯片的探针到底该如何注释到基因组信息呢
昨天发布了 GEO数据库中国区镜像横空出世，粉丝们都很happy，因为确实解决了 … Continue reading
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芯片探针序列的基因注释已经无需你自己亲自做了
在整个生信技能树的历史上，就分享过两次价值一千元的： 第一次是：TCGA的28篇 … Continue reading
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单细胞circRNA初步了解
前面我们系统性地总结了circRNA的相关背景知识： 首先了解一下circRNA … Continue reading
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全网第二个单细胞视频课程预售
你知道吗？每个月都有一百万单细胞被测序！ Google Data显示，7月份的单 … Continue reading
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ChIP‐Atlas数据库网页工具-（2019年6月份）第21周（总第69周 ）
本次分享的文献发表了一个网页数据库，把其它数据库（GEO, ArrayExpre … Continue reading