bowtie比对miRNA的reads时候参数的影响
有两个很重要的参数: -m,指定最大比对到基因组的次数(suppress all … Continue reading
有两个很重要的参数: -m,指定最大比对到基因组的次数(suppress all … Continue reading
昨天,我们在生信技能树讨论了miRNA-seq数据分析流程,并且提出来了一个问题 … Continue reading
做生物信息学的我们很难不认识bwa和bowtie了,可以说是短序列(reads, … Continue reading
bowtie2 以前都是和samtools组合,如下: bowtie2 -x $ … Continue reading
因为要讲搜索,所以我选择了一个长一点的字符串来演示多种情况的搜索 perl ro … Continue reading
前面讲到了如何用笨方法进行字符串搜索,也讲了如何构建bwt索引,和把bwt索引还 … Continue reading
由于之前就简单的看了看bowtie作者的ppt,没有完全吃透就开始敲代码了,写了 … Continue reading
查询需要根据前面建立的索引来做。 这是一个比较复杂的过程,我也是看了bowtie … Continue reading
其中第一讲我提到了一个简单的索引产生方式,因为是课堂就半个小时想的,很多细节没有 … Continue reading
首先,什么是BWT,可以参考博客 http://www.cnblogs.com/ … Continue reading
首先进入bowtie的主页,千万要谷歌!!! http://bowtie-bio … Continue reading
生物信息学领域涉及到大量的不同种类的数据的分析和处理工作,因此这个领域就必然产生 … Continue reading
前面我们在《生信技能树》已经是多次分享了变剪切相关教程:
曾经(大约是2010附近)普通的bulk的转录组测序跟如今的单细胞转录组一样火爆 … Continue reading
我在2015年逛biostar论坛的时候,看到了这样的表述: Tophat 首次 … Continue reading
原文链接:https://docs.qq.com/doc/DSFdmRGR0SW … Continue reading
ATAC-seq的数据分析主要是检测信号峰值,就是peaks,不同样品的peak … Continue reading
最近在有粉丝求助,他的scATAC-seq数据的分析,使用 scATAC pro … Continue reading
看到了发表于2020年8月的一个研究,标题是《Efficient chromat … Continue reading
很多人都说传统的bulk转录组测序“廉颇老矣”,急急忙忙转向了单细胞转录组这样的 … Continue reading