单细胞转录组数据分析CNV
都来aviv Regev自于实验室，一系列文章都利用了单细胞转录组数据分析CNV。 Continue reading
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单细胞转录组看头颈癌的原位癌和复发癌区别
单细胞转录组探索头颈癌症的转移癌和原位癌区别
文章发表于2017年12月，在CELL杂志：Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer 测序如下；
We profiled transcriptomes of ∼6,000 single cells from 18 head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) patients, including five matched pairs of primary tumors and lymph node metastases.
同时也对这些病人测了whole-exome sequencing (WES) and targeted genotyping (SNaPshot) data，但是这些数据公布在 phs001474.v1.p1 ，不是很方便下载。 Continue reading
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CCLE数据库里面的1000多个细胞系的RNA-SEQ数据和拷贝数变异数据联合分析
我看到这篇science的补充材料最后一个图是： Continue reading
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时间序列单细胞转录组数据分析
时间序列单细胞转录组数据分析
文章是: Reconstruction of developmental landscapes by optimal-transport analysis of single-cell gene expression sheds light on cellular reprogramming. 虽然于2017年9月公布在了bioRxiv上面，但是至今仍然没正式发表，包含了六万多个单细胞转录组数据，持续追踪了MEF细胞系诱导为IPSC细胞的动态变化过程，并且从发育的角度分析了这些数据
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3500个TNBC单细胞转录组数据重处理
文章：A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer , 因为bulk测序无法解决问题，所以作者选择了单细胞转录组测序策略：
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10X genomics单细胞数据集探索
其官网公布了非常多的数据集： https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/datasets 只需要简单填写邮箱即可下载，如下：
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专门分析10x genomic公司的单细胞转录组数据的软件套件
10x Genomics方法巧妙使用了Barcoding（条形码）和Microfluidics（微流体）技术，在单细胞分离、扩增原理上具有明显的优势，能帮助研究人员实现对细胞群体的划分与细胞群体间基因表达差异的检测，是肿瘤细胞异质性、免疫细胞群体检测以及胚胎发育研究的黄金方法。
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空间单细胞DNA测序
空间单细胞DNA测序技术：Topographic Single Cell Sequencing 发表于2018年CELL杂志，文章题目是：Multiclonal Invasion in Breast Tumors Identified by Topographic Single Cell Sequencing31449-6) 非常值得精读。
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为什么要学编程-excel基因名错误的优雅解决方案
为什么要学编程
帮同学处理一下他从公司拿到的差异分析结果，当然，给我的是Excel表格，老规矩，导出csv然后读入R，然后准备顺手画个火山图，做个GO/KEGG富集分析。下意识的看了看数据结构，然后顺手按照基因名排序了一下，哈哈哈~ Continue reading
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使用rmarkdown来制作html报表
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小鼠表达芯片数据整合分析
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TET2突变是如何引起超甲基化
TET2突变是如何引起超甲基化
癌症病人体内会检测到不正常的甲基化现象。
TET2可以氧化5mC成为5hmC，进而通过其它机制形成5fC和5caC。
很多血液肿瘤病人的TET2基因突变了，同时会显示出全局的5hmC水平下降。
有趣的是，全局的5hmC水平下降同样发生在很多实体肿瘤病人身上，但是那些病人很少有TET2突变发生。
那么，TET2突变，或者全局的5hmC水平下降，是如何导致启动子区域的CG岛的甲基化水平上升的呢？
有其它文献报道 hypermethylation和oxidative stress (OS)有关系
作者认为 oxidative stress (OS) 在其中起了关键的作用。
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Bioconductor包chimeraviz嵌合RNA可视化
Bioconductor包chimeraviz嵌合RNA可视化
高通量RNA测序已经能够更高效地检测融合转录本，但是融合检测的技术和相关软件通常产生高错误发现率。而一个自动整合RNA数据和已知基因组特征的可视化框架对于结果的检验是有帮助的。2017年发布的一个bioconductor包，chimeraviz就可以做到自动创建嵌合RNA可视化。
支持来自9种不同融合发现工具（deFuse、EricScript、InFusion、JAFFA、FusionCatcher、FusionMap、PRADA、SOAPfuse和STAR-FUSION）的输入。 Continue reading
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用LeafCutter探索转录组数据的可变剪切
用LeafCutter探索转录组数据的可变剪切
该软件早在2016年就公布了，发表在biorxiv预印本上面，但直到2017年的双11，才发表在NG上面，文章是 : Annotation-free quantification of RNA splicing using LeafCutter 最大的特点应该是不需要参考基因组的基因注释信息了吧，就是gtf/gff文件可以省略，当然，比对还是需要的。它还有另外一个非常重要的功能，splicing quantitative trait loci (sQTLs) 但是跟我目前关系不大， 就不介绍了。 Continue reading
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找了半天居然没有找到phred64to33的轮子
不知道从哪里拿到了一个上古测序数据，居然是用phred64来代表测序质量分数，可怕，导致我后面的流程报错，所以得先转换过来。结果Google了好久，都没有发现现成的轮子，可能是太简单了吧这个需求，本来想偷懒的。
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snpEff软件提供的vcf报告
还是作为图床使用，大家不需要看：
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不同物种的同一个基因的对应关系
不同物种的同一个基因的对应关系
我们都知道不同的物种在进化过程中其实共享很多基因的，尤其是哺乳动物，同一个基因虽然在不同的物种序列不完全一样，位于的染色体也不一样，发挥的功能可能也稍微有点区别，但是他们的相似性非常高！根据相似性就可以在不同的物种里面找到同一个基因。 Continue reading
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lncRNA数据分析传送门
可以参考我们前面组织的3个学习小组：
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生信菜鸟团-专题学习目录
转录组专题
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生信技能树论坛-生信社区版块-bioconductor中文&shiny交互网页
bioconductor中文
shiny交互网页
今天给大家介绍的是论坛的生信社区版块，包括bioconductor中文和shiny交互网页这两部分。
【真诚欢迎你】我们很多版块都需要补充和完善，如果你愿意加入我们一起建设论坛，我们非常欢迎，相信这个过程你一定能收获很多，快到碗里来吧，有能力有担当的朋友请与我们联系。:)
（2017.12.15）