为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）
本研究发表于普通杂志：Sci Rep. 2013 Oct 题目是：Comprehensive identification of mutational cancer driver genes across 12 tumor types. 主要就是使用4个软件分析TCGA数据库的somatic突变结果而已。本文献解读属于100篇泛癌研究文献系列，首发于：http://www.bio-info-trainee.com/4132.html Continue reading
为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）
所以本研究发表于：Nat Genet. 2013 Sep 是属于较早的一批泛癌研究了，题目很简单：Evidence for APOBEC3B mutagenesis in multiple human cancers. 就是研究TCGA数据库的APOBECs家族基因突变及表达量异常问题。 Continue reading
为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达） Continue reading
最近很多人反映conda镜像挂掉的问题，所以我有必要给粉丝测试一下： Continue reading
看过我TCGA肿瘤数据库知识图谱的小伙伴都只是如何在任意癌症查询指定感兴趣基因的表达量，并且对样本进行分组比较，网站是：https://xenabrowser.net/heatmap/ Continue reading
统计学上分布有很多，在R中基本都有描述。因能力有限，我们就挑选几个常用的、比较重要的简单介绍一下每种分布的定义，公式，以及在Ｒ中的展示。 Continue reading
理论上不要出现linux系统，如果你已经是linux系统，我相信自己可以搞定大部分事情了。
然后，理论上 Windows 电脑软件优先安装在C盘，避免意外，然后用户名如果是中文也会有意外，但是请不要害怕！ Continue reading
本周尝试一种新的文献解读方式，就是一次性解读3篇文献，总结他们的异同点，整体把握该领域发展情况。
发表在2018年9月的NC, 文章是：Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA 两例免疫治疗患者，在一位患者身上发现了规律，在另一位患者身上得到了证实。取患者血液和肿瘤，做免疫组化、分选、exome-seq、single cell RNA-seq、qPCR。 Continue reading
文章发表于：Breast Cancer Res. 2016; 通过对188个乳腺癌患者样本的450K甲基化芯片，无监督聚类可以分成7组，而且还跟TCGA计划的数据做了比较，而且是多组学层面的比较。 Continue reading
乳腺癌是高度异质性疾病，临床分期及病理分级相同的患者对治疗的反应和预后大不相同。 但是目前仍然是根据临床病理特点如HER2表达、雌激素受体状态、肿瘤大小、分级和淋巴结转移等选择辅助治疗，包括化疗，内分泌治疗，抗HER2治疗等。
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早在2018年第46周文献分享，我就介绍过TNBC亚型的研究：https://zhuanlan.zhihu.com/p/49574829 研究团队通过贝勒医学院分两次 收集了 198个TNBC病人， (discovery set: n=84; validation set: n=114) 比较稳定的把TNBC分成了4个亚型，而且还分析了7个公共数据集来验证其结论。作者还整理的4个亚型以及其可能的靶点，作为研究亮点。当时也展开对比了其它分类研究，因为目前TNBC是BRCA里面预后最差的， 所以关于它的研究比较火热，但是根据基因表达进行分子分型的到不多，值得系统性的通读一遍，争取完全掌握该小领域的研究脉络。 Continue reading
首发于生信技能树微信公众号：https://mp.weixin.qq.com/s/wWFYLBIfexaP1PuhqgcA9w Continue reading
发表在Nat Med. 2017 April的文章HRDetect is a predictor of BRCA1 and BRCA2 deficiency based on mutational signatures ，其研究发现了一种新的类似于BRCA的突变特征，普遍存在于约20%的乳腺癌患者中，具有这种突变的乳腺癌患者或许同样能从PARP抑制剂靶向治疗中受益。并不需要一定是BRCA1/2基因本身的突变。 Continue reading
关于肿瘤内部异质性的讨论，我们介绍了很多： Continue reading
系列文章
大量研究都是对肿瘤病人进行多位点取样做NGS，也通常是WES，而 Oncotarget. 2017 Mar 文章不一样： Continue reading
因为昨天看到了TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene 包来获取基因的坐标及长度跟其它主流数据库有差异，所以今天彻底比较一下TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene 包和CCDS数据库的差异。 Continue reading
之前使用过 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene 包来获取基因的坐标及长度，代码如下： Continue reading