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ceRNA-芯片分析的一般流程

前面我们已经介绍过circRNA的基础概念: 首先了解一下circRNA背景知识,背景知识,以及 circRNA芯片分析的一般流程,还有circRNA-seq分析的一般流程。看起来好像是把circRNA都介绍完了 ,不过在ceRNA芯片里面,其实也有一部分circRNA。其实ceRNA(competing endogenous RNAs,竞争性内源RNA) 是一种假说,是指一种全新的基因表达调控模式,我们已知miRNA可以通过结合mRNA导致基因沉默,而ceRNA(lncRNA、circRNA…)可以通过竞争性结合miRNA来调节基因表达,从而影响细胞的功能。 Continue reading

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肿瘤外显子视频课程小作业

外显子技术是仅次于转录组的热门 NGS 应用,尤其是在肿瘤研究方向,大量的癌症多组学队列其实就是转录组加上外显子而已。实际上并没有专门的肿瘤转录组教程系列,但是肿瘤外显子却不然,如果大家三年前追过我的直播基因组活动,就应该知道同样是DNA层面的测序,全基因组,外显子组还有捕获基因靶向测序,在肿瘤研究里面不仅仅是找跟参考基因组不一样的位点,就是所谓的变异位点而已。 Continue reading

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一个加州大学洛杉矶分校生物信息学博士要离开科研圈

不知道大家是否还记得几年前我翻译和传播的一个新闻:一个MIT的博士要离开学术圈,结果······ 原作者的题目是:再见吧,我的学术生涯! 评论区众说纷纭,也确实给大家了一些启发。现在是2020年的第2天,我在朋友圈看到另外一个类似的故事,因为主人公是中国人所以会让我们更加有代入感,关键是不需要翻译,传递出原汁原味的人生感悟。希望能对正处于人生关键抉择路口的你有帮助。 Continue reading