前面我们介绍该软件用法很多了，而且也对基于bam文件做可变剪切的软件leafcutter和rMATS的比较
现在我们来根据MFF基因来深度理解可变剪切的软件leafcutter的结果! Continue reading →

最近我们的学徒作业，都是以公众号推文的方式发布出来，希望更多人加入一起学习，前面两次的作业是： Continue reading →

我前面提到过，如果你确实是第一次接触circRNA芯片数据，完全不用担心， 你只需要把它看作是你不知道基因名字的mRNA芯片，最后得到的各种各样的分析结果，只不过是以circRNA的ID来表示而已。 Continue reading →

学术界OR工业界的讨论永无休止，前面我们推送的两个阅读量过万的人生抉择都是在科研圈奋斗很久后才做出离开它的选择，见： Continue reading →

我们一直有生信故事会栏目，虽然投稿的人不多： Continue reading →

马来西亚城市太多，差不多十年前我大学期间休学一年的间隙花了一个月在马来西亚的不同城市流浪，还有一些游记，如下： Continue reading →

我们周末班准备工作给的安装R包 http://www.bio-info-trainee.com/3727.html

首先配置中国大陆特色镜像 Continue reading →

RNA-seq我们在生信技能树应该是至少推出了400篇教程，而且是我们全国巡讲的标准品知识点，其中还有一个阅读量过两万的综述翻译及其细节知识点的补充： Continue reading →

生物信息学数据库种类繁多，其中基因ID是很多人比较困惑的，尤其是很多产品居然还不是基因ID的问题，比如表达芯片是探针，所以我策划了一系列ID转换教程，见文末！我的包里面有一个函数大家比较感兴趣，就是为什么可以根据基因ID拿到其染色体坐标呢？而且还可以得到其基因类型。 Continue reading →

最近刷文献，发现一个很有趣的火山图，文献是发表在 October 7, 2019的PNAS：Immune effector monocyte–neutrophil cooperation induced by the primary tumor prevents metastatic progression of breast cancer Continue reading →

刚刚看到生物信息学职业发展群有人转发了一个标题很有趣的招聘：招募生信人才，高薪，环境优美，远离雾霾。一般来说有后面的两个条件，高薪肯定是无从谈起，所以果断点开看了看。
居然是海南的招聘， 海口或者三亚地区的工作！作为海南大学毕业的我，还是有点感情的，略微搜索了一下有招聘需求的老师： Continue reading →

本来是想搜索GBM单细胞数据，下载表达矩阵后完成群主（生信技能树创始人jimmy）的作业：为什么癌症病人据肿瘤单细胞水平的异质性但是细胞系没有 做成文章里面的热图。但是却搜索到了一个纯粹的单细胞数据挖掘文章，来自于哈医大生信中心，发表在Mol Oncol. 2019 Dec，题目是：Single-cell RNA-seq reveals the invasive trajectory and molecular cascades underlying glioblastoma progression. Continue reading →

完整版见：https://mp.weixin.qq.com/s/R995Ml64-H9wqOYBUvb3ZQ
最近接了几个商业宣传，大家的反应比较激烈： Continue reading →

这里不是要宣传课程，我再三强调你其实可以不需要购买视频了，除非你对我的声音有特殊的爱好，或者其他我不知道的原因，我们已经有了完整版文字教程以及配套GitHub代码啦！ Continue reading →

前些天我在生信技能树重新唤起来了大家的记忆：都不知道自己还有一本生物信息学的书 ，因为是中文的接地气的教程合辑，所以受大家喜爱，我已经在出版社的鞭策下努力让他早日现世，这样大家以后带师弟师妹的时候也方便推荐教材。 Continue reading →

本来是应该是发邮件给下面的这些资料到每个人，但是发了200个后邮箱就被封了，要第二天才能继续。既然我们说好了圣诞节给到所有人，还是得说到做到，如果你没有看到本推文，我也爱莫能助。不过虽然你可能无法及时看到资料，剩余的两千多个邮箱地址，我会在接下来的十几天内分批次发放： Continue reading →

看到一个网页工具文章的figure2，列出来了2015 WHO classification 的肺癌分类，From: LCE: an open web portal to explore gene expression and clinical associations in lung cancer Continue reading →

最近看到朋友圈分享的推文里面的一篇文献里面提到了ExpressionBlast工具，主要是对基因表达差异分析结果进行注释。
文章是2019年12月17日，cell子刊Cell Reports发表的研究“SIRT6 Promotes Hepatic Beta-Oxidation via Activation of PPARα”，论文证明长寿蛋白SIRT6在促进脂肪燃烧、调控肝脏脂肪代谢中起着重要作用。 Continue reading →

大家学习到的通常是两个组的样本进行差异分析，然后走标准分析流程，火山图，热图，GO/KEGG数据库注释等等。这些流程的视频教程都在B站和GitHub了，目录如下： Continue reading →

不知不觉两年多过去了，最近整理以前学习群记录发现了当初的宏伟计划，其中一个小成果是：生物信息学最佳实践–基础篇。图灵出版社的编辑鞭策我一年多了，还没有把它整理成为出版级别的质量，我也不知道为什么，也不知道问题出在哪里。（总之自己的精力被不喜欢的科研耗着了，我也很无语） Continue reading →