本次分析的文章发表在Plant Cell. 2019 May; 题为‘High-temporal-resolution Transcriptome Landscape of Early Maize Seed Development’的学术论文。该研究通过对玉米珠心(包括胚囊)进行RNA-seq分析，绘制了高时间分辨率的玉米籽粒发育早期转录组图谱。 需要注意的是 days after pollination (DAP) 和 hours after pollination (HAP) Continue reading →

发表在 Nature Medicine (2018) ，标题是：Single-cell profiling of breast cancer T cells reveals a tissue-resident memory subset associated with improved prognosis 作者从3个乳腺癌患者体内通过FACS筛选到乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞（TILs），使用商业仪器10X来做单细胞转录组，得到6,311个T细胞数据。 Continue reading →

文章发表于2018年的《Nature Communications》 ， 题目为“Profiling human breast epithelial cells using single cell RNA sequencing identifies cell diversity”。 作者从7个个体的乳腺上皮细胞提取25,790 个单细胞进行转录组测序。测序的原始数据都上传到了NCBI的GEO数据库： GSE113197.如下； Continue reading →

2017两篇文章陆续发表在nature communication杂志，都是关于小鼠乳腺发育的，所以一起解读
首先是发表于2017年9月的NC，文章是;Construction of developmental lineage relationships in the mouse mammary gland by single-cell RNA profiling 系统性的跟踪检测了小鼠epithelial cells 的各种时期的单细胞转录组 Continue reading →

本次分享的文章发表在 Nat Med. 2018 Aug; 题目是：Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment. 共选取5例病人的共19个样本，通过10×genomics单细胞转录组测序探索基质细胞的亚群分类、基因功能（信号通路）、关键marker基因和临床预后。共鉴定出52个基质细胞亚群，反映了肿瘤微环境复杂性。对基质细胞的marker基因做生存曲线，发现这些marker基因可以作为肺癌预后诊断的潜在标志物。 为科学家们提供一种研究细胞类型的基准，便于后期研究人员在体外或动物模型中对这些细胞类型进行深度研究。同时，这些基质细胞亚型的生物标记作用，对患者的治疗与预后评估也至关重要。 Continue reading →

文章发表于 Annals of Oncology, April 2018, 链接是,https://doi.org/10.1093/annonc/mdy024
主要是下载两个数据库总共 (n = 550) 的TNBC病人的3数据进行分析，即：

• Molecular Taxonomy of Breast Cancer International Consortium (METABRIC)
• The Cancer Genome Atlas. TNBC samples
  这3种数据分别是：
• copy-number aberrations
• somatic mutations
• gene expression
  进行了整合分析，所谓的多组学整合，其实就是根据表达数据对样本进行分组， 然后看CNV和SNV层面的差异。 Continue reading →

发表于2018的NC，文章是：Unravelling subclonal heterogeneity and aggressive disease states in TNBC through single-cell RNA-seq 对6个TNBC病人总共测了 超过1500个单细胞 ，质控后还剩下1189个单细胞进入下游分析。使用的是FACS加上Smart-seq2 ，非常中规中矩的分析，所以就发了同样中规中矩的NC。 Continue reading →

背景介绍

关于正常组织的体细胞突变研究，Wellcome Trust Sanger研究所的 Peter J. Campbell博士 在这个领域钻研了很久:

• 早在 Science. 2015 May 的关于 正常人(three female and onemale, ranged from 55 to 73 years of age)的皮肤细胞.
• 2016年11月4日那期Science期刊上，论文标题为“Mutational signatures associated with tobacco smoking in human cancer 发现每天抽一包烟导致肺细胞每年产生150种突变。
• 接着是 Science (2018.11) 研究9个志愿者的844个食管组织测序。
• 然后还有 September 2018 从体细胞突变推断正常人血液的群体动态 ，对一名59岁健康男性的140个单细胞衍生的造血干细胞和祖细胞聚落以群体遗传学方法重建克隆动态 Continue reading →

2018年NC的一篇日本人群队列文章：Germline pathogenic variants of 11 breast cancer genes in 7,051 Japanese patients and 11,241 controls 只关心了11个基因，文章关于Pathogenic germline variants的分析方法非常值得学习。
Therefore, to maintain consistency of variant annotation across the 11 hereditary breast cancer genes, we decided to use the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology (ACMG/AMP) guidelines3 to assess all 11 genes analyzed in this study. Continue reading →

2009年Hans Clevers研究组开创了类器官（organoids）研究时代，2014年纪念Sloan-Kattering癌症中心的Yu Chen研究组将类器官引入肿瘤，自此肿瘤类器官CNS文章频频。
本次我们分享肝癌的类器官研究，因为有两个研究比较近，具有相似性，这里就一起介绍：
首先是2017年12月;Human primary liver cancer–derived organoid cultures for disease modeling and drug screening 发表在《Nature Medicine》的文章，介绍了一款人类原发性肝癌微模型（organoids ），可用于特定类型肝癌的体外药物筛选。研究人员将这种培养系统扩展到以下三种最常见PLC亚型类器官：肝细胞癌（HCC）、胆管癌（CC）以及合并HCC/CC（CHC）的肿瘤。PLC衍生的类器官可用于生物标记物鉴定以及药物筛选测试，例如，将ERK抑制剂SCH772984筛选为PLC的潜在治疗药物。
然后是2018年6月的：Organoid Models of Human Liver Cancers Derived from Tumor Needle Biopsies Continue reading →

本次分享的文献发表了一个网页数据库，把其它数据库（GEO, ArrayExpress, DDBJ, ENCODE等等）的表观数据（主要是ChIP-seq and DNase-seq）整合，主要是6个模式生物的数据，包括(human, mouse, rat, fruit fly, nematode, and budding yeast), 最后形成了：ChIP-Atlas (http://chip-atlas.org) Continue reading →

在人类癌症研究领域，基因工程小鼠模型，也就是genetically engineered mouse models (GEMMs) 和肿瘤细胞系一样，是家喻户晓的实验材料。尽管非常多的研究表明，小鼠模型得到的癌症相关基因和通路都是在人类里面可以看到的，但也有不少研究指出来了小鼠和人类的本质差异，现在就让我们来看看这样的研究吧。 Continue reading →

说到WGCNA分析，分享一个好玩的故事， https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31382519 我3年前的WGCNA的教程， 有人拿去发文章了 , 是不是很有趣，https://github.com/jmzeng1314/my_WGCNA，而且不止发一篇，还有一个，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6639467/ 同样的数据集和代码
文章发表于2017年11月，是 A novel microglial subset plays a key role in myelinogenesis in developing brain
数据公布在GEO，还提供了表达矩阵：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE78809

cat GSE78809_series_matrix.txt|grep ftp|tail -1|tr '\t' '\n'|tail -n +2|xargs wget -c

可以直接下载表达矩阵去走下游分析，也可以从 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP071039 测序原始数据开始。 Continue reading →

2018年2月的一篇PNAS文章：Global changes of H3K27me3 domains and Polycomb group protein distribution in the absence of recruiters Spps or Pho 的作者来我们学校面试助理教授，有幸听他完整讲述他们课题组的工作。
这篇文章只有两个共一的作者，一个负责全部的实验环节，一个负责全部的数据分析环节，所以作者的确是有真才实学的，佩服！ Continue reading →

2018年发表于science杂志，文章是：Single-cell transcriptomes from human kidneys reveal the cellular identity of renal tumors. 一句话描述：
We studied 72,501 single-cell transcriptomes of human renal tumors and normal tissue from fetal, pediatric, and adult kidneys. Continue reading →

来自于文献：Identifying and Targeting Sporadic Oncogenic Genetic Aberrations in Mouse Models of Triple Negative Breast Cancer - BioProject 的数据：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA398328 点击 RunSelector. Send results to Run selector 就可以下载那两个测序数据记录文件啦。 Continue reading →

本次分享的文献发表于2018年11月30日，在Science 杂志，“Single-cell Multi-omics Sequencing and Analyses of Human Colorectal Cancer”， 该研究在国际上首次从单细胞分辨率、多组学水平深入解析了人类结直肠癌在发生和转移过程中，基因组拷贝数变异、DNA甲基化异常及基因表达改变的特点及相互关系。 Continue reading →