按照我们带领10万人入门生物信息学的经验来看，RNA-seq基础数据分析无疑是最适合初学者的，我们划分好了8个部分：https://mp.weixin.qq.com/s/UudD1ZhKaFPvwugUBL7z3A 而且也有完整的视频学习资料：
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25
Monthly Archives: 2月 2019
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GSEA分析合理性讨论
写在前面
昨天发了一个差点捅了马蜂窝的推文：费九牛二虎之力也无法重现的GSEA图 ，当时的确花了两三个小时也没能成功重复文章的GSEA图，觉得很有趣，就跟粉丝分享了，纯粹是交流数据处理技巧。 Continue reading
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费九牛二虎之力也无法重现的GSEA图
组会有同学分享了曹雪涛课题组的一篇Nature Medicine文章，其生物学机理探索非常详细，但是我注意到他们使用芯片技术仅仅是测了才4个样本，就区分成两种细胞，两种处理，也就是说根本没有生物学重复，我相信他们课题组应该是不差钱的，那很可能是他们并没有意识到NGS技术的重要性。 Continue reading
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重新GEOmetadb分析发现seq技术实验超过array技术啦
早在3年前我就是菜鸟团博客介绍过GEOmetadb这个神奇的R包，存储着目前在GEO数据库所有的数据资料，当时我发现最受欢迎的平台是： Continue reading
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2019年2月份第3周（总第55周）2.5万汉族人的GWAS乳腺癌风险基因
写在前面
你现在看到的是文献俱乐部2019年笔记分享第一弹，我将会在春节7天连续分享，目录如下： Continue reading
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09
2019年2月份第2周（总第54周）测173个成年人的大脑的102个基因
你现在看到的是文献俱乐部2019年笔记分享第一弹，我将会在春节7天连续分享，目录如下：
2019年1月份第1周（总第49周）单细胞转录组探索CAFs的功能和空间异质性
2019年1月份第2周（总第50周）异常CRC病人的突变时空异质性与免疫
2019年1月份第4周（总第52周）TCGA计划的ATAC-seq数据发布
2019年2月份第1周（总第53周）胃癌类器官
2019年2月份第2周（总第54周）测173个成年人的大脑的102个基因
2019年2月份第3周（总第55周）2.5万汉族人的GWAS乳腺癌风险基因
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03
2019年1月份第3周（总第51周）探索PDAC癌前病变
本研究测序量不大，但是发表在nature杂志， Published: 03 September 2018 ，题目是；Precancerous neoplastic cells can move through the pancreatic ductal system 应该是因为研究者试图解决的生物学问题很精彩，同样的摸索，有一个单细胞转录组研究也做过，发在CCR上面，跟这个差的有点远。 Continue reading
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03
2019年1月份第2周（总第50周）异常CRC病人的突变时空异质性与免疫
文章发表于2018年9月的CELL 是：Evolution of Metastases in Space and Time under Immune Selection
作者发现两个存活时间异常长的病人：P210 and P45 所以从他们的系列手术过程中取到了31个转移瘤的样品进行测序。 Continue reading