因为TCGA计划跨时太长，这些年找somatic变异的软件也很多，所以TCGA团队下功夫在计划结束后（April 2018）完整的系统性的整理了最后的somatic突变数据。依托于文章：Scalable Open Science Approach for Mutation Calling of Tumor Exomes Using Multiple Genomic Pipelines March 201810.1016/j.cels.2018.03.002 Continue reading
你现在看到的是文献俱乐部2019年笔记
大名鼎鼎的TCGA计划回顾一下咯，关于AML研究发表在 N Engl J Med. 2013 May ， 算是很厉害了，附件一百多页的PDF详尽的描述了当时的数据分析方法，而且这个研究非常受重视，仅仅是关于 它的评论就有： Continue reading
为了完成这个小探索，遇到了一个以前从来没有注意的问题，就是不同数据库对基因注释的记录差异问题。
因为昨天看到了TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene 包来获取基因的坐标及长度跟其它主流数据库有差异，所以今天彻底比较一下TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene 包和CCDS数据库的差异。
详见：https://mp.weixin.qq.com/s/2QJvQxVECcxpJIsId1pHYA Continue reading
本来以为做完了 http://www.bio-info-trainee.com/3727.html 准备工作，上课就问题不大，发现还是有一些很有意思的小问题，主要是计算机相关设置问题。 Continue reading