写在前面:
我多次在博客(生信菜鸟团)里面写过annovar软件的用法,而且在《直播我的基因组》里面也使用过它,https://mp.weixin.qq.com/s/GxqzKU7OPAMbjbZ5fPk7oQ 但那些都是最粗浅的使用而已,并没有深入了解ANNOVAR 软件的方方面面。 Continue reading
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我多次在博客(生信菜鸟团)里面写过annovar软件的用法,而且在《直播我的基因组》里面也使用过它,https://mp.weixin.qq.com/s/GxqzKU7OPAMbjbZ5fPk7oQ 但那些都是最粗浅的使用而已,并没有深入了解ANNOVAR 软件的方方面面。 Continue reading
胰腺癌的单细胞转录组这篇文章发在 Clin Cancer Res. 2018 Nov 1. 题目很长,是 Single Cell Transcriptomics of Pancreatic Cancer Precursors Demonstrates Epithelial and Microenvironmental Heterogeneity as an Early Event in Neoplastic Progression. Continue reading
大名鼎鼎的TCGA计划回顾一下咯,关于AML研究发表在 N Engl J Med. 2013 May , 算是很厉害了,附件一百多页的PDF详尽的描述了当时的数据分析方法,而且这个研究非常受重视,仅仅是关于 它的评论就有: Continue reading
是深圳华大基因牵头的10X单细胞转录组测序项目,本研究关注的是乳腺癌病人的肿瘤微环境
的细胞类型,尤其是免疫细胞如何作用于癌症细胞。尤其关心那些与肿瘤病人预后或者治疗情况相关的肿瘤浸润性淋巴细胞,T细胞功能障碍(也被称作耗竭)在癌症中很常见,为了更好地理解T细胞功能障碍,通常需要分析肿瘤浸润性淋巴细胞(tumor-infiltrating lymphocyte, TIL),这个时候单细胞转录组技术就派上用场了。 Continue reading
R语言基础知识的一些检验,最好是对照几本R基础语法书籍来理解。
全部答案及视频在:https://github.com/jmzeng1314/R_bilibili
首先做完了周末班工作, 包括软件安装以及R包安装:http://www.bio-info-trainee.com/3727.html
打开 Rstudio
告诉我它的工作目录。 Continue reading