看自己感兴趣的基因在自己研究的癌症的预后相关性是高频需求,其实就是拿到基因在癌症病人的表达信息,然后就可以根据表达量高低对病人进行分组,最后这个分组是否统计学显著的把病人的生存情况区分开来。 Continue reading
Monthly Archives: 12月 2018
2019年1月份第1周(总第49周)单细胞转录组探索CAFs的功能和空间异质性
癌相关的成纤维细胞 CAFs,具有异质性,是TME中的重要细胞成分,分泌的特定细胞因子、炎症趋化因子及其它可溶性因子能够诱导减缓细胞循环的过程,从而影响肿瘤细胞的增殖;2018年12月的NC文章:Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibroblasts revealed by single cell RNA sequencing 使用成熟的单细胞转录组( Smart-seq2 )手段探索了癌相关的成纤维细胞 CAFs的功能和空间异质性。 Continue reading
三阴性乳腺癌表达矩阵探索(公共数据库挖掘最佳实例)
生信技能树联盟创始人jimmy手把手带你完成一个GEO数据库(GSE76275
)挖掘实例,从必备R包安装,表达矩阵下载,PCA/heatmp的数据检查,探针ID到基因ID的转换,根据生物学分组进行差异分析并且绘制火山图、热图、KEGG等数据库注释结果。 Continue reading
如何根据芯片的探针ID找到基因名-基于R语言
使用bioconductor注释包
如果该芯片平台有对应的bioconductor注释包,只有约90个常用的芯片有! Continue reading
R语言小作业-中级
首先需要完成R语言练习题-初级,在http://www.bio-info-trainee.com/3793.html
作业 1
请
根据R包org.Hs.eg.db
找到下面ensembl 基因ID 对应的基因名(symbol) Continue reading
在R里面对坐标进行映射
比如把自己制作好的bam文件的坐标,跟提取自gtf文件的坐标信息对应起来,使用GenomicRanges
包自带的函数即可。
使用refGenome加上dplyr玩转gtf文件
不是所有人都像我这样喜欢linux的黑白命令行,但是他们仍然是可以处理NGS数据的,比如最常用的gtf格式的基因组注释文件: Continue reading
把bam文件读入R,并且转为grange对象
有成熟的R包可以把bam文件读入R,比如Rsamtools,很简单的代码: Continue reading
下载芯片探针序列并且写成fasta文件
选择在GEO官网的GPL平台下载 : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL21827 Continue reading
在R里面使用Rsubread完成组学分析全套流程
你是否害怕linux的黑白命令行操作,是否对去可视化畏畏缩缩,那么你会爱上它:Rsubread Continue reading
周末生物信息学培训班准备工作
第一个准备工作是安装必备软件,根据自己的操作系统选择 软件即可,(如果时间来不及,仅仅是R语言以及rstudio, 还有微信电脑版,钉钉也可以先凑合)
第二个准备工作,安装R包,代码在文末,参考(务必看完)视频 https://www.bilibili.com/video/av80872684
尽早完成准备工作,如果学有余力,就看看我们B站视频,主要是linux和R基础, https://space.bilibili.com/338686099 (不要求课前看完这些,课后可以看完它)
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