与2018发表在NC上面，文章是：Recurrent WNT pathway alterations are frequent in relapsed small cell lung cancer 同样是发NC，相比上次分享的韩国人的乳腺癌队列，还有之前的台湾人队列来说，本研究成本要低很多。
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Daily Archives: 2018年9月30日
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第41周文献分享-肝癌复发的CpG甲基化信号特征
发表于2017年，杂志是 JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY 影响因子26.303 ， 文章是 CpG Methylation Signature Predicts Recurrence in Early-Stage Hepatocellular Carcinoma: Results From a Multicenter Study 亮点应该是自己的数据，然后使用了两个机器学习算法：
- LASSO, Least Absolute Shrinkage and Selector Operation;
- SVM-RFE, Support Vector Machine-Recursive Feature Elimination;
前面我们讲解了一篇2013年多组学数据探索乳腺癌细胞系药物敏感性使用的也是两个机器学习算法，不过是LS-SVM和RF，但是也有借鉴意义。Continue reading
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第40周文献分享-多组学数据探索乳腺癌细胞系药物敏感性
也是公共数据的挖掘，但是不是对TCGA数据库的挖掘，不过其整合的多组学又恰好是TCGA计划纳入的7种数据。
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第39周文献分享-探索BRCA1基因全部可能的突变的功能
2018年9月朋友圈刷屏的nature文章，题目是：Accurate classification of BRCA1 variants with saturation genome editing 字面意思是探索了BRCA1基因上面的全部可能的突变位点的生物学意义，但事实上只是探索了96.5% of all possible single-nucleotide variants (SNVs) in 13 exons that encode functionally critical domains of BRCA1.
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卵巢癌类器官研究
这应该是卵巢癌领域的第一个类器官研究，发表于 September 13, 2018，题目是：Prediction of DNA Repair Inhibitor Response in Short Term Patient-Derived Ovarian Cancer Organoids