肿瘤内部异质性问题已经是老生常谈了，在NGS如日中天的这些年，已经有非常多的多位点取样进行WES测序探索肿瘤异质性的（不同癌症研究的列表见文末），但是这个技术的可靠性并没有进行系统的评价，技术噪音，技术误差是可观存在的，所以就有了本研究：bioRxiv preprint first posted online Jan. 24, 2018; doi: http://dx.doi.org/10.1101/253195. 虽然并没有正式发布在SCI期刊，但是也值得解读。
发表于Cancer Cell. 2018 Sep 10;文章是：Overcoming Resistance to Dual Innate Immune and MEK Inhibition Downstream of KRAS. 主要探究的是耐药性，用的是细胞系，但是这篇文章我最关心的是研究团队对转录组和表观数据的结合，还有对CCLE和TCGA这样的公共数据库的挖掘利用。
新鲜出炉的NAR文章：Cell Model Passports—a hub for clinical, genetic and functional datasets of preclinical cancer models Published: 27 September 2018 ，位于英国的sanger研究所的科研团队详细整理了目前常见的科研细胞系的多种资料，并制作网站共所有科研人员查询浏览：cellmodelpassports.sanger.ac.uk, 可以说是非常贴心了。
首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件，还有vcf文件
首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件，代码如下：
mkdir -p ~/biosoft
cd ~/biosoft
wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip
unzip bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip
cd ~/biosoft/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64/example/reads
../../bowtie2 -x ../index/lambda_virus -1 reads_1.fq -2 reads_2.fq > tmp.sam
# samtools view -bS tmp.sam >tmp.bam
这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：
下载bowtie2软件后拿到示例数据：