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我测试了一下Jbrowse的安装及初步试用

前些天我们公众号元老,熊,投稿了关于Jbrowse的史上最全介绍,如下:

可能是最全的JBrowse基因浏览器介绍(请点击阅读)

发现下面文章的图片都挂掉了,请直接点击这个链接查看:http://mp.weixin.qq.com/s/P32LxR-cFPN3pw25ba5sIg,下面不用看了,反正没有图片了

这个现象很奇怪:博客和公众号,都是用的有道云分享出来的图片,结果博客里面的图片挂掉了,微信里面还有!

最为生物信息学痴的我当然不能错过,今天终于找到了空隙时间来体验一把!

全部体验报告如下:

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我用rmarkdown写过的教程

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用rmarkdown写教程真心非常方便,尤其是R语言相关的,比如一些R包的应用,或者一些可视化,或者一些统计,下面我简单列出一些我以前写过的,图文并茂,关键是还非常省心,不需要排版,不需要上传图片,整理图片。

一般来说看链接最后的文件名就知道这篇文章讲的是什么了:

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生信菜鸟团对应的QQ群已经满了,请根据学习方向选择加入分群

生信各种组学群 554052300

WGS/WES/RNA-SEQ/CHIP-SEQ
单细胞转录组分析
de novo 组装(Trinity)
质控(MISO,fastqc,fastx,RSEM)
counts(HTseq,BEDtools,RNA-SeQC)
序列比对(BWA,GSNAP,TopHat,Hisat,Star,bowtie)
寻找差异基因(voom,DESeq,DESeq2,edgeR,BaySeq,SAMseq,)
富集分析(GOstats,GSEA,web-tools)
可变剪切
基因融合(SOAPfusion,FusionSeq, deFuse , TopHat-Fusion , FusionHunter , SnowShoes-FTD, chimerascan,FusionMap)
拷贝数变异检测
alle specific 表达差异
共表达网络
miRNA分析
病毒检测分析
其它注释

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