WGS/WES/RNA-SEQ/CHIP-SEQ

单细胞转录组分析

de novo 组装(Trinity)

质控(MISO,fastqc,fastx,RSEM)

counts(HTseq,BEDtools,RNA-SeQC)

序列比对(BWA,GSNAP,TopHat,Hisat,Star,bowtie)

寻找差异基因(voom,DESeq,DESeq2,edgeR,BaySeq,SAMseq,)

富集分析(GOstats,GSEA,web-tools)

可变剪切

基因融合(SOAPfusion,FusionSeq, deFuse , TopHat-Fusion , FusionHunter , SnowShoes-FTD, chimerascan，FusionMap)

拷贝数变异检测

alle specific 表达差异

共表达网络

miRNA分析

病毒检测分析

其它注释