这个不出图，会给出TCGA里面涉及到的所有基因跟你指定的基因的表达量相关系数和P值，分别你一次性的看清楚你感兴趣的基因跟体内其它基因在该癌症种类的相关性，当然，相关非因果，请谨慎应用！ Continue reading
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Tag Archives: 表达数据
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TCGA表达数据的多项应用之3–对指定的两个基因，在所有癌种里面找到correlation并作图
上面是指定一个基因在不同的癌种里面，本次讲指定任意两个基因，在所有癌种里面找到correlation并作图！图如下：
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TCGA表达数据的多项应用之2–对指定基因在不同癌种里面画boxplot,或者在所有的normal组织里面看表达量！
好像文章题目没有长度限制，太好了！本讲所实现的目标非常简单，如题，指定基因在不同癌种里面画boxplot,或者在所有的normal组织里面看表达量！下面是一个具体的例子：
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TCGA表达数据的多项应用之1–下载数据并且导入mysql
这个TCGA表达数据的多项应用系列帖子是应群里朋友的要求来写的，你们也可以继续提需求，我会接着写下去，其实从TCGA数据库里面下载到了数据之后，后面的所有分析都跟TCGA没有半毛钱关系了，大家要有这个想法，别三两句就问TCGA数据怎么分析，http://www.bio-info-trainee.com/?s=TCGA&submit=Search 本系列最后会形成一个shiny版本的交互式表达数据查询，处理，绘图，统计的网页APP。
我这里偷懒一下了，直接下载GEO里面的TCGA的表达数据，而不是去TCGA的官网里面下载：
它处理了目前（大概是2015年6月）TCGA收集的所有癌症样本的mRNA表达数据，并且统一处理成了count和RPKM两种表达量形式。 GEO地址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE62944