我们生信技能树团队美女设计师在公众号发布了一个好玩的游戏，欢迎参与：https://mp.weixin.qq.com/s/h17jpmyqf-t1pFgjW78dHQ
早在四年前我建立生信技能树论坛时候，就架构好了一个生信工程师成长框架，对应着我们生信技能树论坛的各个板块，再次汇总一下： Continue reading →

我特别喜欢生信菜鸟团专栏作者的模式，可以让我学到很多知识，我一直强调一个人的力量实在是有限的，哪怕是我这样有着非凡天赋以及远超常人的毅力，也只能是在过去的五年里完成1.3万篇教程，涵盖生物信息学的176个分析要点。但是生物信息学受生物学拖累，这个21世纪的学科，即使我如此努力，仍然是完成了不到1%的知识整理，如果没有团队， 我们的生信技能树计划估计在我有生之年是看不到完成的希望了。 Continue reading →

前面我们已经介绍了：使用monocle做拟时序分析（单细胞谱系发育） 然后回答了一个学员的问题: 拟时序分析的热图提取基因问题 ，但是因为大家对monocle包的说明书不熟悉，对R不熟练，以至于无法个性化处理monocle的各种中间结果，所以问题是多种多样。 Continue reading →

昨天我在单细胞天地讲解了使用monocle2进行拟时序分析的方法，基本上跟着我的代码走一波就可以学会了，当然具体参数理解需要自行发力哦，见：使用monocle做拟时序分析（单细胞谱系发育） 用法只是最基础的知识而已，更多的时候，我们需要活学活用，比如课程学员提到的问题，就是因为做不到活学活用，他想知道下面的拟时序分析的热图提取基因，学员把基因按照发育顺序绘制了热图，而这些基因被他分成了3组，想拿基因去做GO/KEGG等数据库进行功能注释，不知道如何获取基因名字。 Continue reading →

前面我们介绍了一些背景知识，主要是理解什么是DNA甲基化，为什么要检测它，以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术。具体介绍在：甲基化的一些基础知识，也了解了甲基化芯片的一般分析流程 。
但是我留下了一个疑问给读者，就是甲基化信号值矩阵的差异分析策略抉择问题。而且甲基化信号值矩阵有3个层次的差异分析：DMP，DMR，DMB： Continue reading →

我特别喜欢生信菜鸟团专栏作者的模式，可以让我学到很多知识，我一直强调一个人的力量实在是有限的，哪怕是我这样有着非凡天赋以及远超常人的毅力，也只能是在过去的五年里完成1.3万篇教程，涵盖生物信息学的176个分析要点。但是生物信息学受生物学拖累，这个21世纪的学科，即使我如此努力，仍然是完成了不到1%的知识整理，如果没有团队， 我们的生信技能树计划估计在我有生之年是看不到完成的希望了。 Continue reading →

今晚我们生信技能树的学习大使《二货潜》神神秘秘的甩给我一个GitHub资源链接，里面有一份非常好的数据分析学习资料：加拿大生物信息学研讨会，而且笃定我们生信技能树以前没有分享过。确实我在生信技能树写了1.3万篇教程，还真记不清楚我以前有没有分享过。但是最近我们就分享过两个类似的资源： Continue reading →

这两天在筹备给中科院上海生化细胞所曾安研究组招聘生物信息学相关人才，就跟曾老师多聊了几句（画外音，很多人也喊我曾老师，感觉两个曾老师聊天有点诡异），尤其是他2018年cell的单细胞转录组文章，关于涡虫（planarian），我看到了同一时间段，在science居然也有两个研究涡虫（planarian）的单细胞转录组文章，有点意思。 Continue reading →

单细胞水平的研究是仅次于NGS的一次生物信息学领域的革命，同样的随随便便发CNS的黄金时期也过去了，现在想发高分文章，拿多个病人的多个样本进行单细胞转录组测序是非常正常的，比如下面的： Continue reading →

本文首发在单细胞天地：https://mp.weixin.qq.com/s/rKutyuaf2PG-m8TpVZjGXQ
因为单细胞目前比较贵，单个10x样本还是在3万左右的费用，大多数课题组就是想尝个鲜，不会测太多样本。如果你看完目前的近1000篇10x单细胞转录组文章就很容易发现规律，从2017到2020，样本量要求是越来越多了，而且想发CNS级别文章，样本数量也要上得去。 Continue reading →

前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析，而且了解了自己的项目的样本数量和测序量，还过滤了不合格的细胞和基因， 教程目录如下：

• 上游分析流程
• 课题多少个样品，测序数据量如何
• 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要） Continue reading →

现在一起看看拿到表达矩阵后有一个很重要的质控过程，就是根据一些阈值来过滤不合格细胞和基因。细胞的不合格很容易理解， 可能是那个细胞检测到的基因数量太少，或者太多，也许是那个细胞的文库大小异常，都是需要谨慎考虑是否管理它。 Continue reading →

本文首发在单细胞天地公众号：https://mp.weixin.qq.com/s/-h2Qr7oVN93Z0JlVOO4uZA

如果你想亲手分析自己的数据，生信技能树联合单细胞天地也推出了：7个小时的单细胞转录组视频课程（限时免费） 足足7个小时，34集，涵盖了单细胞转录组背景知识以及数据处理的知识体系，希望能够帮助到你的课题哦！ Continue reading →

生信技能树联合单细胞天地也推出了：7个小时的单细胞转录组视频课程（限时免费） 足足7个小时，34集，涵盖了单细胞转录组背景知识以及数据处理的知识体系，但视频录制是两年前了，考虑到单细胞领域翻天覆地的变化速度，很多新分析方法，新的R包出来了，非常有必要推送一些新资料给到大家。当然了， 大体分析策略仍然是有效的。 Continue reading →

前面我们提到过：蛋白质组学数据一般共享在proteome xchange网站
这次又接触了一下代谢组学数据，看的文章是 Cell. 2019 May 2;177(4): 里面提到　Data and Software Availability Lipidomics data on liver fractions have been deposited in the EMBL-EBI under accession code MTBLS600. 我就留意了一下这个数据库和ID。 Continue reading →

昨天在某生物信息学交流微信群，看到有朋友宣传了免疫学大牛迟洪波教授实验室招生信工程师的信息，链接是：https://careers-stjude.icims.com/jobs/5863/bioinformatics-analyst-ii/job

粗看一下，要求确实不低： Continue reading →

身为一个地地道道的湖北人，但实际上我自从考上大学其实就没怎么在春节这样的假期回去，所以这次算是有幸“躲过一劫”，但这并不影响我对疫情的关注，而且确实也躲不过去铺天盖地的新闻，各种反转，甚至还有人创作了一部魔幻现实主义的大剧： Continue reading →

看到一篇PLoS One 2014的文章，标题是 Integrated analysis of differential miRNA and mRNA expression profiles in human radioresistant and radiosensitive nasopharyngeal carcinoma cells，很简单的一个研究，就是找NPC和对照的表达差异，涉及到miRNA 和 mRNA 两种分子。 Continue reading →

看到发表在nature的 Article | Published: 23 October 2008 ，文章标题很简单，是： Somatic mutations affect key pathways in lung adenocarcinoma ，NGS领域以及TCGA计划新秀，大名鼎鼎的Li Ding 是这篇文章的一作。现在如果你检索一下肺癌相关肿瘤外显子研究的话，简直不要太多，肺鳞癌以及肺腺癌都是。 Continue reading →

以下笔记分享来自于2019-11月学徒：
最近在安装 FACETS 的包，一直报error，脑壳疼。网上各种方法都尝试了，根本没有用！！还好跟着生信技能树Jimmy老师的推文一个一个解决掉了，深切感受到了大神一句话，菜鸟跑半年！

1.下载

因为mskcc/pctGCdata这个R包在GitHub上面，有100多m，实在是太大了，用传统的方法根本下载不下来，还好科学上网之后，多次尝试手动下载到本地搞定了。 Continue reading →