本来有statquest珠玉在前，我实在是提不起笔和勇气写统计学专题，但是最近直播单细胞转录组数据分析发现这系列知识点实在是太重要，而我的习惯是，讲不清楚的知识点不认为自己掌握了，所以还是尝试着介绍一波。 Continue reading →

组织特异性表达基因在单细胞领域应用比较广泛，毕竟一下子好几千个细胞的表达量矩阵就出来了，通过降维聚类，可以拿到不同的亚群，就需要对这些亚群进行生物学注释，这个时候，如果我们有人类的每个组织的特异性表达基因列表，就很容易操作。 Continue reading →

一个背景

哺乳动物基因组CpG位点通常集中在称为CpG岛（CpG island，CGI）的区域中，并且已知人基因启动子约60％含有CpG岛。CpG岛上下游不超过2000个碱基对（2kb）的基因组区域称为CpG“岛岸”（shores），其中CpG shelves指位于CpG shores 上下游2kb以内的区域，open sea指CpG islands、CpG shores和CpG shelves之外的其他区域。这4种情况形成了CpG resort，CpG位点的密度从island到open sea递减。 Continue reading →

文章信息
题目：Immune evasion before tumour invasion in early lung squamous carcinogenesis
杂志：nature
时间：26-june-2009
链接: https://www.nature.com/articles/s41586-019-1330-0 Continue reading →

看过我TCGA肿瘤数据库知识图谱的小伙伴都知道如何在任意癌症查询指定感兴趣基因的表达量，并且对样本进行分组比较，网站是：https://xenabrowser.net/heatmap/ Continue reading →

楔子

朋友圈偶然看到由信息中心生命科学图书馆联合营养与健康院团委、研究生会、中科院创新创业俱乐部举办的2019年度生物软件操作视频征集大赛，虽然是生物软件操作大赛，但是里面列出来的几乎都是生物信息学软件，而且很多让人眼前一亮的名字，让我觉得非常欣慰，这些年的坚持努力推广生物信息学知识没有白费。 Continue reading →

最近给学徒布置了一个作业，是一篇文章的数据图表重现，如下： Continue reading →

这并不是最佳选择方案，因为前些天菜鸟团的

先安装 ChromHeatMap 包，里面存放有 cytoBand坐标信息，可以简单检查一下。 Continue reading →

现在做肿瘤队列研究，纳入病人数量不过百都不好意思出来交流了，但是，并不意味着你的样本数量少，你的研究就没有意义，当然，部分稀有癌症本来就不可能是样本量大。
但是假如你做的并不是稀有癌症，又的确没有经费或者其它条件不允许，只能说是不到10个病人，数据也出来了，仍然是想发出去肿么办？ Continue reading →

很多人挖掘公共数据库，比如TCGA等，会喜欢用到相关性分析，就是寻找那些表达量相关性比较高的， 然后就认为他们之间具有调控关系，可能是某些模块，但是我最近看的一篇文章，提到了这样的相关性其实是比较容易受其他因素影响，比如肿瘤纯度，如下图： Continue reading →

很久以前我们提到过TCGA的各种网页数据库的生存分析结果冲突的问题，现在又有人提出来一个新的问题，如下： Continue reading →

统计学是一门很深的学问，这里仅仅是出题帮助大家熟练使用R语言来学习统计学知识，具体知识点需要更深入阅读书籍或者教程： Continue reading →

可视化是一门很深的学问，详解：https://mubu.com/doc/3L0wkgGUVg 这里仅仅是出题30个，引导大家进入该领域！
这里仅仅是针对一个数据集，就是r包airway并且通过assay函数拿到其表达矩阵。 Continue reading →

提到医学图像影像数据，必须首推TCGA数据库啊，在 https://www.cancerimagingarchive.net/ 动辄都是几十个GB的数据，如下，GBM的120个样本的数据量： Continue reading →

相信生信技能树的粉丝们都应该还记得六月末的生信菜鸟团博客被关闭的风波吧，上面提示是我的备案信息有问题，实际上呢，我检查了很久，发现是工信部自己修改网址导致我的WordPress博客里面的跳转失败！ Continue reading →

现在流行的单细胞转录组测序是10X的，通常一个样本就可以达到好几千的细胞，所以一次10个样本的实验，拿到上万个细胞非常正常。
很容易通过 monocle, seurat, scater 等一站式单细胞转录组处理工具来进行降维聚类分群，如下： Continue reading →

最近打理自己的生信菜鸟团博客发现阿里云又开始搞活动了，这次虽然不是2年免费，不过也差不多，三年才五百多块钱！
https://wanwang.aliyun.com/hosting?spm=5176.200021.297964.9.3e7d4e358nFA7U Continue reading →

看到文章 PLoS Genet. 2016 ，提到了 CpG island methylator phenotype (CIMP) subtype Continue reading →

第一批学徒已经出师，他们的作业如下：

• TP53突变型和TP53野生型BRCA病人的差异分析结果 https://mp.weixin.qq.com/s/Phu-MxA0d079HdtBWTHbWg Continue reading →

第二次出现的错误

踩过坑，才足够刻骨铭心！

这里正好推荐一下这个视频：https://www.bilibili.com/video/av28813815/?p=9

跑完一个RNA-SEQ项目，下意识的看了看bam文件大小，还有最后的文库统计情况，发现非常的诡异，首先是bam文件大小就很奇特： Continue reading →