前面我们在单细胞天地分享了：4千万科研经费告诉你什么是生物学研究的热点 ，其实毫无悬念，必须滴单细胞的热点！不过，热点并不意味着有经费就是CNS文章，也有一些几百万砸下去，然后就普普通通发出去的。大家可以在文末留言推荐分享这样的例子。 Continue reading →

通常，基因融合会产生基因融合转录本和嵌合蛋白产物，它们已被用作治疗的靶标。众所周知的例子是靶向BCR-ABL1基因融合的格列卫（Imantinib）和靶向EML4-ALK基因融合的克唑替尼。所以很多癌症研究是关于融合基因的，比如发表在3分杂志：Cancer Biol Ther. 2014; 题目是：Recurrent FGFR3-TACC3 fusion gene in nasopharyngeal carcinoma. , 值得注意的是 FGFR3-TACC3 的基因融合事件，非常出名的！ 大家随便搜索一下就知道，好几个CNS文章报道过它，在TCGA的融合基因数据库也可以搜索到它，存在于多种癌症。 Continue reading →

因为10X仪器的商业化成功，目前大家的单细胞转录组课题基本上都是10X数据，所以我在单细胞天地分享了一系列相关教程，希望可以接地气的帮助大家，如下： Continue reading →

通常，基因融合会产生基因融合转录本和嵌合蛋白产物，它们已被用作治疗的靶标。众所周知的例子是靶向BCR-ABL1基因融合的格列卫（Imantinib）和靶向EML4-ALK基因融合的克唑替尼。所以很多癌症研究是关于融合基因的，比如发表在6分杂志：J Pathol. 2013 Oct; 题目是：Identification of a recurrent transforming UBR5-ZNF423 fusion gene in EBV-associated nasopharyngeal carcinoma. 5年过去了，引用才40多，应该是该领域（鼻咽癌）的研究人员不多。 Continue reading →

经过朋友圈投票，我们选择了幕布这个软件的经典样式作为我们表观调控13张图视频课程目录，如下： Continue reading →

还记得当初在微信公众号已经成为了一片红海的时候，我们生信技能树由论坛和博客这样过时的互联网形态转型杀进来微信公众号自媒体战场，当时奋斗的非常辛苦，虽然现在已经成为生物信息学领域当之无愧的流量当担。 Continue reading →

最近搜索很多资料，都跳转到TCGA年度（共4年）研讨会PPT了，觉得有必要再次分享，第一次分享在：http://www.bio-info-trainee.com/958.html

TCGA年度（共4年）研讨会PPT官网是： http://www.genome.gov/17516564 Continue reading →

大家都知道maf文件记录着肿瘤患者的somatic突变情况，通常我们可以根据这个信息来在同一个肿瘤内部进行分组挖掘数据，比如：
如果你还不了解maf格式，请看：https://docs.gdc.cancer.gov/Data/File_Formats/MAF_Format/ Continue reading →

文档：https://cran.r-project.org/web/packages/pubmed.mineR/pubmed.mineR.pdf
同样是安排了生信技能树的学徒来完成这个包的解读，见：https://mp.weixin.qq.com/s/bndecTSABox2dcr7aoheig Continue reading →

这个纯粹是生物学背景知识，毕竟我们生信工程师仍然是处理的生物学数据，所以得抓住一切机会来扩充自己的生物学背景。 Continue reading →

以前是自己写脚本： 【直播】我的基因组47:测序深度和GC含量的关系 可能是太复杂，大多数读者表示看不懂，所以我重新使用已有的轮子来做这件事。 Continue reading →

看到文章 Aging (Albany NY). 2018 标题是：Mining TCGA database for genes of prognostic value in glioblastoma microenvironment
安排给了生信菜鸟团学徒进行数据分析图表复现，大家可以去菜鸟团公众号搜索到全部代码。 Continue reading →

文档：https://cran.r-project.org/web/packages/easyPubMed/easyPubMed.pdf
作者是 Damiano Fantini ，看它的 Title: 搜索和读取 PubMed 上的文章发表信息。
看它的自我介绍: easyPubMed 可以查询 NCBI Entrez，以 XML 或 文本 格式获得 PubMed 信息，可以提取、整合数据，可以 轻 而 易 举 地下载一大堆记录信息，比如单独得到 作者、单位、题目、关键词、摘要、发表时间……
中文解读发在生信技能树公众号： Continue reading →

最近在带领学徒，重现当初的 »生信技能树›互动作业›脚本能力实践›生信人必练的200个数据处理任务 Continue reading →

借第一届生物信息学人才大会的契机
我们给大量有招聘需求的企业及科研单位和我们的十多万生信工程师建立了连接，然后发现一个很有趣的问题：就是招聘方通常是要求有项目实战经验，但大量的工程师都是初出茅庐，虽然不少是生物信息学专业科班出身，但是才走出象牙塔的他们也的确没有什么机会实战，那么我们就讨论一下，这个项目实战经验的问题！ Continue reading →

最近服务器停电，发现几个星期前提交的项目失败了几个样本： Continue reading →

通常我们的MAC录制视频后文件都非常大，15min的视频可以达到2G大小，所以需要转换和压缩，但是不能降低太多的分辨率。 这里我的御用视频编辑师推荐了一款非常轻量级的命令行工具FFmpeg可以做到，下面是FFmpeg的简短介绍： Continue reading →

看到标题进来的，肯定是知道TNBC（三阴性乳腺癌）的定义的，详见：https://mp.weixin.qq.com/s/wWFYLBIfexaP1PuhqgcA9w
乳腺癌是高度异质性疾病，临床分期及病理分级相同的患者对治疗的反应和预后大不相同。
但是目前仍然是根据临床病理特点如HER2表达、雌激素受体状态、肿瘤大小、分级和淋巴结转移等选择辅助治疗，包括化疗，内分泌治疗，抗HER2治疗等。 Continue reading →

昨天我们提到了任意更改基因表达分组阈值生存分析结果大不一样：https://mp.weixin.qq.com/s/pQL8jA38gDPO5xVDG0L94w

看到https://www.proteinatlas.org/ENSG00000111801-BTN3A3/pathology/tissue/breast+cancer Continue reading →

打开你的Rstudio，运行下面的代码： Continue reading →