染色体全局可视化

这并不是最佳选择方案,因为前些天菜鸟团的

先安装 ChromHeatMap 包,里面存放有 cytoBand坐标信息,可以简单检查一下。

# BiocManager::install('ChromHeatMap')
library('ChromHeatMap')
data("cytobands")
hc=cytobands[[1]]
hc$id=with(hc,paste0(chr,arm,str_split(band,'[.]',simplify = T)[,1]))
head(hc)
# http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/cytoBand.txt.gz

然后就很容易指定cytoband来可视化,这里随便选择染色体的几个片段咯。

cc=c("chr11p15","chr6p21","chr12q13","chr16p13")
cc
cc_hc=hc[hc$id %in% cc,]
library(karyoploteR)
change=toGRanges(cc_hc)
kp <- plotKaryotype(genome="hg19")
kpPlotRegions(kp, change, col="#FFAACC")

出图如下:

是不是丑爆了!

当然了,还有很多可以调整的细节,建议看英文说明书:https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/karyoploteR/inst/doc/karyoploteR.html

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