最近收到粉丝求助，本来是询问富集分析的时候，我给的参考代码，为什么pvaluecutoff值和qvaluecutoff值设到0.9，其实是怕大家富集不到结果。然后Y叔在自己的微信公众号中提到“富集不到结果才是正确的结果”，采用了更加稳妥和可靠的方法来判断富集结果，而粉丝的数据在DAVID中能有结果，可在Y叔的包里，结果就少了一些，如何决定采取哪个？最后又讨论到DAVID结果可视化，网上资源少，他只能做成条图，需要我给指条方向！ Continue reading →

因为我们生信技能树的名声在外，很多以前一起探讨生物信息学数据分析技巧的朋友都陆陆续续博士毕业成为了各大高校的青椒(听说是比较凄惨的)了，也有很多朋友本来就是经验丰富的生物信息学本科专业班主任，推荐了不少学生关注我们生信技能树。 Continue reading →

前面我们在生信技能树公众号系统性总结分享过：CRC稳定的分子分型，没有背景知识的朋友可以去深入读文献：October 2015 The consensus molecular subtypes of colorectal cancer。 Continue reading →

最近学徒群在讨论一个需求，就是用数据框的每一列的平均数替换每一列的NA值。但是问题的提出者自己的代码是错的，如下： Continue reading →

前面我们介绍该软件用法很多了，而且也对基于bam文件做可变剪切的软件leafcutter和rMATS的比较
现在我们来根据MFF基因来深度理解可变剪切的软件leafcutter的结果! Continue reading →

最近我们的学徒作业，都是以公众号推文的方式发布出来，希望更多人加入一起学习，前面两次的作业是： Continue reading →

我前面提到过，如果你确实是第一次接触circRNA芯片数据，完全不用担心， 你只需要把它看作是你不知道基因名字的mRNA芯片，最后得到的各种各样的分析结果，只不过是以circRNA的ID来表示而已。 Continue reading →

学术界OR工业界的讨论永无休止，前面我们推送的两个阅读量过万的人生抉择都是在科研圈奋斗很久后才做出离开它的选择，见： Continue reading →

我们一直有生信故事会栏目，虽然投稿的人不多： Continue reading →

马来西亚城市太多，差不多十年前我大学期间休学一年的间隙花了一个月在马来西亚的不同城市流浪，还有一些游记，如下： Continue reading →

我们周末班准备工作给的安装R包 http://www.bio-info-trainee.com/3727.html

首先配置中国大陆特色镜像 Continue reading →

RNA-seq我们在生信技能树应该是至少推出了400篇教程，而且是我们全国巡讲的标准品知识点，其中还有一个阅读量过两万的综述翻译及其细节知识点的补充： Continue reading →

生物信息学数据库种类繁多，其中基因ID是很多人比较困惑的，尤其是很多产品居然还不是基因ID的问题，比如表达芯片是探针，所以我策划了一系列ID转换教程，见文末！我的包里面有一个函数大家比较感兴趣，就是为什么可以根据基因ID拿到其染色体坐标呢？而且还可以得到其基因类型。 Continue reading →

最近刷文献，发现一个很有趣的火山图，文献是发表在 October 7, 2019的PNAS：Immune effector monocyte–neutrophil cooperation induced by the primary tumor prevents metastatic progression of breast cancer Continue reading →

刚刚看到生物信息学职业发展群有人转发了一个标题很有趣的招聘：招募生信人才，高薪，环境优美，远离雾霾。一般来说有后面的两个条件，高薪肯定是无从谈起，所以果断点开看了看。
居然是海南的招聘， 海口或者三亚地区的工作！作为海南大学毕业的我，还是有点感情的，略微搜索了一下有招聘需求的老师： Continue reading →

本来是想搜索GBM单细胞数据，下载表达矩阵后完成群主（生信技能树创始人jimmy）的作业：为什么癌症病人据肿瘤单细胞水平的异质性但是细胞系没有 做成文章里面的热图。但是却搜索到了一个纯粹的单细胞数据挖掘文章，来自于哈医大生信中心，发表在Mol Oncol. 2019 Dec，题目是：Single-cell RNA-seq reveals the invasive trajectory and molecular cascades underlying glioblastoma progression. Continue reading →

完整版见：https://mp.weixin.qq.com/s/R995Ml64-H9wqOYBUvb3ZQ
最近接了几个商业宣传，大家的反应比较激烈： Continue reading →

这里不是要宣传课程，我再三强调你其实可以不需要购买视频了，除非你对我的声音有特殊的爱好，或者其他我不知道的原因，我们已经有了完整版文字教程以及配套GitHub代码啦！ Continue reading →

前些天我在生信技能树重新唤起来了大家的记忆：都不知道自己还有一本生物信息学的书 ，因为是中文的接地气的教程合辑，所以受大家喜爱，我已经在出版社的鞭策下努力让他早日现世，这样大家以后带师弟师妹的时候也方便推荐教材。 Continue reading →

本来是应该是发邮件给下面的这些资料到每个人，但是发了200个后邮箱就被封了，要第二天才能继续。既然我们说好了圣诞节给到所有人，还是得说到做到，如果你没有看到本推文，我也爱莫能助。不过虽然你可能无法及时看到资料，剩余的两千多个邮箱地址，我会在接下来的十几天内分批次发放： Continue reading →