为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）
本研究发表在：EBioMedicine. 2016 May; 题目是：Pan-Cancer Analyses Reveal Long Intergenic Non-Coding RNAs Relevant to Tumor Diagnosis, Subtyping and Prognosis. 研究人员下载了12种癌症的共1200病人的RNA-seq的测序数据的bam文件，然后走自己的流程针对lincRNA进行定量。 Continue reading
为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）
本文发表在一个很简单的杂志上面，PeerJ. 2016 Feb，被引用的次数也很少，才10次，题目是：A pan-cancer analysis of prognostic genes. 纳入16个不同癌症的6495个病人的RNA-seq数据，因为以前在癌症领域的生存分析大多关注单个基因，而且使用的是芯片表达数据，所以作者认为自己的研究是具有创新点的。 Continue reading
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本文发表在一个看不懂的杂志，是 Nucl Receptor Res. 2015 Dec 文章题目是：Pan-cancer analyses of the nuclear receptor superfamily. ，从题目可以看到本研究仅仅是关注 Nuclear receptors (NR) 基因集。 跟前面的 Sci Rep. 2013 Oct 和 Nat Commun. 2014 Sep 比较类似，都是研究具体的部分生物学意义的基因集。可以预料后面应该是还有人会研究EMT基因集，HDR基因集，PRC复合物基因集等等。 Continue reading
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发表在CNS正刊的泛癌研究不多，除了前面提到的 Nature. 2013 Oct 和 Cell. 2014 Aug ，接下来我们要介绍的是Nature. 2014 Jan , 引用也是近2000了，题目是：Discovery and saturation analysis of cancer genes across 21 tumour types. 主要关注的仍然是突变信息，仍然是寻找有统计学显著的癌症相关基因，创新点是分析了不同测序深度对找到的癌症相关基因的影响。 Continue reading
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发表于 Nat Genet. 2014 Nov, 文章是 Genome-wide analysis of noncoding regulatory mutations in cancer. 本研究专注于分析那些有全基因组测序的肿瘤样本，不到一千个。采取3个研究策略：
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发表的杂志还算中规中矩，在：Nat Commun. 2014 Sep 文章是：The landscape of kinase fusions in cancer. 跟前面我们介绍的发表在： Sci Rep. 2013 Oct ，文章是：The mutational landscape of phosphorylation signaling in cancer.比较类似，都是关注某一类型基因。不过本研究关注的是融合基因，不是简单的SNV事件。 Continue reading
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前面我们提到过一个发表在CNS正刊的泛癌研究， Nature. 2013 Oct ， 本研究也是如此，发表于 Cell. 2014 Aug ， 文章是： Multiplatform analysis of 12 cancer types reveals molecular classification within and across tissues of origin. TCGA的pan-cancer数据挖掘能发CNS正刊也算是很不容易了，本研究主要是基于表达量的分类，希望可以搞清楚之前常用的组织器官分类方法在现在的多组学领域的实用性。 Continue reading
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文章发表于 2014 Dec 4. doi: 10.4137/CIN.S19435， 到现在引用才6次，可以说是泛癌研究的一朵奇葩！题目是：A Pan-Cancer Analysis of Alternative Splicing Events Reveals Novel Tumor-Associated Splice Variants of Matriptase 文章的中心并不突出，研究团队开发了自己的可变剪切分析流程并且也下载了TCGA的RNA-seq测序数据进行处理，但是即没有提供分析结果，其流程也无法重现，得到的分析结果也没有太多的生物学意义阐述。 Continue reading
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本文发表的杂志还算中规中矩啦，在 Nat Commun. 2013; 题目是：The landscape of viral expression and host gene fusion and adaptation in human cancer. 可能是因为关注的是病毒，所以引用不多，不到200次。基于的mRNA_seq测序数据，系统性的研究了4,433 tumours and 19 cancer types,发现了不少病毒整合位点及基因。 Continue reading
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本研究发表在： Sci Rep. 2013 Oct ，文章是：The mutational landscape of phosphorylation signaling in cancer. 同样是(TCGA) pan-cancer 数据集 的3,185 genomes and 12 cancer types，重点关注于 Phosphorylation-related SNVs (pSNVs) Continue reading
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本文发表于 Nature. 2013 Oct ， 引用已经超2000了，题目是：Mutational landscape and significance across 12 major cancer types. 这可能是第一个pan-cancer研究发了CNS正刊，样本量是 3,281 tumours across 12 tumour types ，针对他们的突变信息，使用 MuSiC 来计算 significantlymutated genes (SMGs)，主要是 20 cellular processes的127个基因的特征。 Continue reading
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本文发表于Nat Genet. 2013 Oct;题目是： Emerging landscape of oncogenic signatures across human cancers. 主要关心其定义的selected functional events (SFEs)，系统性的研究TCGA数据库的12个癌症的3299个病人数据，并且把癌症病人分成 mutations (M class) or copy number changes (C class) 两个组。文献解读属于100篇泛癌研究文献系列，首发于：http://www.bio-info-trainee.com/4132.html Continue reading
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本文发表的杂志还算中规中矩啦，在Nat Commun. 2013，题目是：Inferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression data. 本研究者开发了一个基于表达信息的肿瘤纯度判定算法，Estimation of STromal and Immune cells in MAlignant Tumours using Expression data’ (ESTIMATE) 主要是基于ssGSEA，对 stromal and immune 两个基因集进行打分。文献解读属于100篇泛癌研究文献系列，首发于：http://www.bio-info-trainee.com/4132.html Continue reading
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本研究发表于普通杂志：Sci Rep. 2013 Oct 题目是：Comprehensive identification of mutational cancer driver genes across 12 tumor types. 主要就是使用4个软件分析TCGA数据库的somatic突变结果而已。本文献解读属于100篇泛癌研究文献系列，首发于：http://www.bio-info-trainee.com/4132.html Continue reading
为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）
所以本研究发表于：Nat Genet. 2013 Sep 是属于较早的一批泛癌研究了，题目很简单：Evidence for APOBEC3B mutagenesis in multiple human cancers. 就是研究TCGA数据库的APOBECs家族基因突变及表达量异常问题。 Continue reading
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最近很多人反映conda镜像挂掉的问题，所以我有必要给粉丝测试一下： Continue reading
看过我TCGA肿瘤数据库知识图谱的小伙伴都只是如何在任意癌症查询指定感兴趣基因的表达量，并且对样本进行分组比较，网站是：https://xenabrowser.net/heatmap/ Continue reading
统计学上分布有很多，在R中基本都有描述。因能力有限，我们就挑选几个常用的、比较重要的简单介绍一下每种分布的定义，公式，以及在Ｒ中的展示。 Continue reading