Daily Archives: 2017年2月6日

二 06

scalpel软件找indel

Posted on by

Scalpel is available here: http://scalpel.sourceforge.net/
文章是： http://www.nature.com/nmeth/journal/v11/n10/full/nmeth.3069.html
很赞的工具！
软件说明书写的也比较详细：http://scalpel.sourceforge.net/manual.html
他提供了3种情况的找INDELs变异，我目前需要用的就是对我的全基因组测序数据来找，所以用single模式：
为了节省对计算资源的消耗，作者建议我单独对每条染色体分别处理。 Continue reading →

二 06

不要想当然的使用生信软件，读文档，勤搜索！

Posted on by

最近在写一篇很有趣的文章，一张图说清楚wgs,wes,rna-seq,chip-seq的异同点！

需要用到一些测试数据，我准备拿17号染色体的40437407-40486397这约48Kb碱基区域来举例子，就需要把这个区域的bam提取出来。

我分别找了以前处理的wgs,wes,rna-seq,chip-seq公共数据，原始bam非常大，尤其是WGS的，45G的bam文件，所以只能抽取17号染色体的40437407-40486397这约48Kb碱基区域，以前我做mpileup或者其它都是用的-r 参数，所以我想当然的使用下面的代码： Continue reading →