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自学lncRNA-seq数据分析第一讲~学习大纲

lncRNA分析跟常见的mRNA-seq分析重合度很高,无非也是把测序的fastq文件mapping到参加基因组,获取转录本信息,转录本表达定量,表达量的差异分析,比较新的分析就是把转录本分成了lncRNA和mRNA,这样可以考虑它们之间的互相作用,也可以在实验设计的时候加入miRNA和CHIP-seq,这样多种数据结合分析,显得更高大上一点,也能更好的刻画机体状态,从而回答生物学假设,我这里先列出我的自学大纲,如果有朋友想跟着我学习,可以发email给我,我的邮箱是jmzeng1314,是163邮箱,发信给我前,先看如果你希望我回答你的问题 这篇文章:

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基因组标准注释文件-Gencode数据库

Gencode数据库是ENCODE计划的衍生品,也是由大名鼎鼎的sanger研究所负责整理和维护,主要记录了基因组的功能注释,比如基因组每条染色体上面有哪些编码蛋白的基因,哪些假基因,哪些lncRNA的基因,它们坐标是什么,基因上面的外显子内含子坐标是什么,UTR区域坐标是什么?我以前通常是在EBI的ENSEMBL的FTP服务器下载,后来才发现了这个Gencode数据库,现在以这个为金标准啦!

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