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Search Results for: TCGA

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二 01

使用TCGAbiolinks包进行TCGA的somatic的突变信息下载整理有时候会失败

Posted on 2024年2月1日 by ulwvfje

有学徒在完成我布置的一个月前( 2023-12-01 )的学徒作业:任意癌症的任 … Continue reading →

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二 20

如果你一定要TCGA数据库的转录组测序的TPM表达量矩阵,不妨自己进行转换啊!

Posted on 2022年2月20日 by ulwvfje

前面我们的泛癌系列教程,都是直接使用count矩阵进行分析,最多就是进行一些转换 … Continue reading →

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九 18

tcga等公共数据库查询你的基因没有统计学显著的预后作用你就放弃了吗

Posted on 2021年9月18日 by ulwvfje

看到了发表于2021年4月在NC期刊的文章,标题是:《DUSP16 promot … Continue reading →

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九 18

TCGA数据库里面配对取样的肿瘤转录组数据并不多

Posted on 2021年9月18日 by ulwvfje

我看到了一个研究可能对大家有帮助,《Transcriptional respon … Continue reading →

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九 18

针对TCGA数据库全部的癌症的表达量矩阵批量运行 estimate

Posted on 2021年9月18日 by ulwvfje

关于这个estimate,我们在生信技能树公众号已经是多次分享了,主要是因为肿瘤 … Continue reading →

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六 25

欧洲裔和非裔美国乳腺癌患者差异可以TCGA数据库验证

Posted on 2021年6月25日 by ulwvfje

数据挖掘的本质是把基因的数量搞小,而数据挖掘课题的开启核心就是分组,你可以根据容 … Continue reading →

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六 25

TCGA各大癌症的somatic突变全景图鸟瞰

Posted on 2021年6月25日 by ulwvfje

前面我们开通了明码标价专栏: ATAC-seq项目的标准分析仅收费1600

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六 22

使用curatedTCGAData下载TCGA数据库信息好用吗

Posted on 2021年6月22日 by ulwvfje

好久没有写TCGA数据库教程了,因为TCGA计划早在2017年就陆陆续续停止了, … Continue reading →

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十二 28

使用curatedTCGAData下载TCGA数据库信息好用吗

Posted on 2020年12月28日 by ulwvfje

好久没有写TCGA数据库教程了,因为TCGA计划早在2017年就陆陆续续停止了, … Continue reading →

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十 31

TCGA官方数据挖掘文章教你机器学习

Posted on 2020年10月31日 by ulwvfje

最近我们又组织了:《机器学习加深度学习资料大放送(附上资料群)》交流群,感觉吧, … Continue reading →

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十 31

模仿GEO-TCGA数据库挖掘文章的全套分析流程

Posted on 2020年10月31日 by ulwvfje

这是一个学徒作业,首发于生信技能树公众号,见:《GEO数据挖掘课程》配套练习题

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十 31

免费视频课程-TCGA数据库分析实战

Posted on 2020年10月31日 by ulwvfje

我这七年写了几万篇教程,制作了几百个小时的教学实战演练视频课程,都是免费分享在各 … Continue reading →

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十 31

把tcga大计划的CNS级别文章标题画一个词云

Posted on 2020年10月31日 by ulwvfje

TCGA计划官方文章在:https://www.cancer.gov/about … Continue reading →

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八 16

TCGA数据库的normal样本不够可以拿GTEx来凑

Posted on 2020年8月16日 by ulwvfje

太多人问到:自己想挖掘的癌症,虽然是在TCGA数据库有数据,但是normal(癌 … Continue reading →

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七 05

学徒作业-单基因的tcga数据挖掘分析

Posted on 2020年7月5日 by ulwvfje

TCGA数据库关于食管癌的,分成ESCC和EAC,其中ESCC好发于中国人群,所 … Continue reading →

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六 04

TCGA数据库里面你的基因生存分析不显著那就TMA吧

Posted on 2020年6月4日 by ulwvfje

最近看到文献里面提到了针对膀胱癌的METTL3基因的生存分析,我定睛细看,发现并 … Continue reading →

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六 04

这5个miRNA组成的肺鳞癌诊断基因集在tcga数据库能复现吗

Posted on 2020年6月4日 by ulwvfje

最近看到某公司宣传他们的科研服务产品,是miRNA的芯片,而且文章居然是2011 … Continue reading →

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六 04

这3个lncRNA组成的食管癌诊断分类器在tcga数据库能否复现

Posted on 2020年6月4日 by ulwvfje

最近看到某公司宣传他们的产品,是lncRNA的芯片,文章是2015发表的,研究思 … Continue reading →

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五 30

给你tcga数据库过万病人的原始测序数据你可以做什么

Posted on 2020年5月30日 by ulwvfje

最近有两年前的学生过来寻求合作,让我想想给我tcga数据库过万病人的原始测序数据 … Continue reading →

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五 30

给你8个甲基化探针, 你可以在tcga数据库进行怎样的探索

Posted on 2020年5月30日 by ulwvfje

我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域: 1、探索各类肿瘤不同临床特征(性别 … Continue reading →

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