十一
10
it’s extremly easy to use firehose_get to download TCGA data
it’s extremly easy to use firehose_get t … Continue reading
Search Results for: TCGA
九
03
TCGA CNV全攻略
TCGA CNV全攻略 明白什么是CNV 对正常人来说，基因组应该是二倍体的，所 … Continue reading
九
02
下载TCGA所有癌症的maf文件做signature分析
下载TCGA所有癌症的maf文件做signature分析 sanger研究所已经 … Continue reading
九
02
TCGA计划的4个找somatic mutation的软件使用体验
TCGA计划的4个找somatic mutation的软件使用体验 体细胞突变（ … Continue reading
九
02
下载TCGA所有癌症的maf文件计算TMB
下载TCGA所有癌症的maf文件计算TMB 明白什么是TMB TMB (Tumo … Continue reading
一
24
一个标准的TCGA大文章应该做哪些数据？
很多人总是问我如何挖掘TCGA的数据，发文章！ 可是他却连TCGA的数据是怎么来 … Continue reading
十二
28
TCGA表达数据的多项应用之4–求指定基因在指定癌症里面的表达量相关性矩阵，与所有的基因比较。
这个不出图，会给出TCGA里面涉及到的所有基因跟你指定的基因的表达量相关系数和P … Continue reading
十二
28
TCGA表达数据的多项应用之3–对指定的两个基因，在所有癌种里面找到correlation并作图
上面是指定一个基因在不同的癌种里面，本次讲指定任意两个基因，在所有癌种里面找到c … Continue reading
十二
28
TCGA表达数据的多项应用之2–对指定基因在不同癌种里面画boxplot,或者在所有的normal组织里面看表达量！
好像文章题目没有长度限制，太好了！本讲所实现的目标非常简单，如题，指定基因在不同 … Continue reading
十二
25
TCGA表达数据的多项应用之1–下载数据并且导入mysql
这个TCGA表达数据的多项应用系列帖子是应群里朋友的要求来写的，你们也可以继续提 … Continue reading
五
18
2016-TCGA数据挖掘系列文章之癌症男女有别
这是TCGA数据挖掘系列文章之一，是安德森癌症研究中心的Han Liang主导的 … Continue reading
五
16
TCGA数据挖掘系列文章之-pseudogene假基因探究
这是TCGA数据挖掘系列文章之一，是安德森癌症研究中心的Han Liang主导的 … Continue reading
五
06
所有TCGA的maf格式somatic突变数据均可下载
如果你研究癌症，那么TCGA计划的如此丰富的公共数据你肯定不能错过，一般人只能获 … Continue reading
一
22
用TCGA数据做cox生存分析的风险因子（比例风险模型）
再次强调一下，R里面实现生存分析非常简单！ 用my.surv <- sur … Continue reading
一
08
TCGA数据里面的生存分析例子
我们知道了生存分析，就是随着时间的流逝，死亡率是如何增加的，一般是用KM法来估计 … Continue reading
十二
29
用firehose_get 来下载所有TCGA寄存在broad的数据
该软件是broad institute写的一个数据接口，主要是供他人下载TCGA … Continue reading
十二
29
所有TCGA收集的mRNA表达数据集数据集-GSE62944
无意中看一篇文献，有提到这个数据集，我简单看了一下，居然还真的这么全面！！！ 它 … Continue reading
十二
25
做癌症研究一定要把这几十篇TCGA的大文章看完
都是发表在nature,cell还有新英格兰医学杂志上面的超级文章！每个文章附件 … Continue reading
十二
24
使用R包cgdsr来下载TCGA的数据
前面我讲到TCGA的数据可以在5个组织机构可以获取，他们都提供了类似的接口来供用 … Continue reading
十二
24
TCGA数据下载大全
并不是所有的数据都能下载，很多数据需要有权限才能下载的！！！ 首先我们可以根据T … Continue reading