Tag Archives: visualization

八 02

根据比对的bam文件来对peaks区域可视化

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之前分析了好几个公共项目，拿到的peaks都很诡异，搞得我一直怀疑是不是自己分析错了。终于，功夫不负有心人，我分析了一个数据，它的peaks非常完美！！！可以证明，我的分析流程以及peaks绘图代码并没有错！数据来自于http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE74311，是关于H3K27ac_ChIP-Seq_LOUCY，组蛋白修饰的CHIP-seq数据，很容易就下载了作者上传的测序数据，然后跑了我的流程！https://github.com/jmzeng1314/NGS-pipeline/tree/master/CHIPseq Continue reading →

七 05

自学CHIP-seq分析第二讲~学习资料的搜集

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我只能说，CHIP-seq的确是非常完善的NGS流程了，各种资料层出不穷，大家首先可以看下面几个完整流程的PPT来对CHIP-seq流程有个大致的印象，我对前面提到的文献数据处理的几个要点，就跟下面这个图片类似：
chip-seq-workflow-all-5-steps
QuEST is a statistical software for analysis of ChIP-Seq data with data and analysis results visualization through UCSC Genome Browser.  http://www-hsc.usc.edu/~valouev/QuEST/QuEST.html
MeDIP-seq and histone modification ChIP-seq analysis  http://crazyhottommy.blogspot.com/2014/01/medip-seq-and-histone-modification-chip.html
一个实际的CHIP-seq数据分析例子： http://www.biologie.ens.fr/~mthomas/other/chip-seq-training/

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七 05

自学CHIP-seq分析第一讲~文献选择与解读

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文章：CARM1 Methylates Chromatin Remodeling Factor BAF155 to Enhance Tumor Progression and Metastasis 

我很早以前想自学CHIP-seq的时候就关注过这篇文章，那时候懂得还不多，甚至都没有仔细看这篇文章就随便下载了数据进行分析，也只是跑一些软件而已，这次仔细阅读这篇文章才发现里面的门道很多，尤其是CHIP-seq的实验基础，以及表观遗传学的生物学基础知识，我有时间一定要把这篇文章翻译一下。学习这篇文章前一定要温习一些生物学知识，见我上一篇博客

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