前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析，而且了解了自己的项目的样本数量和测序量，还过滤了不合格的细胞和基因， 系列教程目录如下：

• 01. 上游分析流程
• 02. 课题多少个样品，测序数据量如何
• 03. 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要）
• 04. 过滤线粒体核糖体基因
• 05. 去除细胞效应和基因效应 Continue reading →

前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析，而且了解了自己的项目的样本数量和测序量，还过滤了不合格的细胞和基因， 教程目录如下：

• 上游分析流程
• 课题多少个样品，测序数据量如何
• 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要）
• 过滤线粒体核糖体基因 Continue reading →

前列腺癌是一种相对惰性的恶性肿瘤，但是一旦其进入晚期，治疗将会变得十分棘手。虽然大多数晚期前列腺癌患者对内分泌治疗都有很好的反应，但在治疗18～24个月后几乎所有患者最终都将进展为去势抵抗性前列腺癌（CRPC），而一旦进展为CRPC，一半患者将难以活过两年。因此，识别哪种前列腺癌更易进入CRPC，并对此及早进行积极的综合治疗是延长生存期的重要环节。 Continue reading →

本文首发于生信菜鸟团公众号，直达链接是https://mp.weixin.qq.com/s/NaZ5kz3ew2O01cFEnK8sXg

今天接到浙江大学的学徒求助，他在学习 TooManyCellsR 包和 too-many-cells 软件的过程中遇到了一个很有趣的问题，就是这个软件的输入必须是 cellranger 的三个结果文件，matrix.mtx，barcodes.tsv 和 genes.tsv。而有些公共数据并不会提供3个数据，比如: SE117988_raw.expMatrix_PBMC.csv.gz , 就是 10x的表达矩阵。 Continue reading →

我一直强调，编程基本功必须得看工具书，而且是需要看五本以上，甚至部分书籍需要看五遍以上！比如我在生信分析人员如何系统入门R(2019更新版) 里面给初学者的知识点路线图如下： Continue reading →

昨天我们生信技能树分享了 TCGA数据库免疫相关文件下载大全，里面给出来了2018年4月Immunity杂志上发表的文章The Immune Landscape of Cancer 整理好的49G的TCGA数据库文件，其中一个是甲基化信号值矩阵，单个文件就39G。 Continue reading →

发表在2017年10月的NC文章：Differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell RNA sequencing 用10X单细胞转录组测序来探索小鼠的乳腺发育情况，包括了4个发育阶段： Continue reading →

统计学的重要性毋庸多说，基本上NGS数据分析的每个环节参数的把握，每个图表的理解背后都是统计学背景知识。当然了，对大量入门级别玩家，暂时可以不要考虑那么多，先跟着我在生信技能树的教程肝下去，走出一个完整项目再说。但是大量中高级玩家的需求我们也得满足啦，很久以前我们整理过：统计学回顾（精华目录收藏）（statquest+协和八+ NGSHotpot），可以说啃这块统计学硬骨头是提升自己的生信段位不二选择！ Continue reading →

我们前面教程：450K芯片上面的甲基化探针到底需要进行哪些过滤 已经强调过了甲基化芯片数据分析的一些注意事项，以及标准代码，共享了大量的学习资料。也分享了一篇甲基化芯片文献的标准图表，现在需要进行数据挖掘了。 Continue reading →

昨天上午在群里看到有小伙伴问了一个很有意思的问题，就是cox生存分析结果也可以火山图可视化，而且他提问的方式值得鼓励，所以我回答了他，并且把代码分享出去了。 Continue reading →

前面我在生信技能树分享过 批量cox生存分析结果也可以火山图可视化 介绍了火山图的基础认识，同时也给了大家代码可以批量做cox分析，并且绘制出来火山图。 Continue reading →

我们的免费数据分析活动吸引了大量的粉丝， 这个春节我一个人就做了一百多个项目，很充实！如果你也需要免费的数据分析，直接看文末。

一个看似很复杂的项目

今天我们分享其中一个数据分析委托任务，粉丝来信是给我一个参考文献，想在LUSC里面重复下面这个LUAD结果。 Continue reading →

相信TCGA和ICGC对搞癌症多组学研究的朋友们来说，应该是不陌生了：

• The Cancer Genome Atlas (TCGA)
• International Cancer Genome Consortium (ICGC)

海量的数据对绝大部分研究者来说只能是望洋兴叹，所以英国癌症中心一直在为推广NGS技术产生的各种各样的数据分析而努力，近3年的生信暑期学习班含金量颇高。而且在朋友圈看到好几个人分享这个生信暑期学习班，有必要我在生信技能树也专门分享一下。 Continue reading →

一眨眼，我们单细胞天地又持续输出了一年，但是我们团队毕竟不是科研服务公司，没有人付费养着我们做研发。所以现有团队时间和精力实在是有限，尤其是单细胞领域高速飞奔，CNS文章发表的速度远超我们能提供的详细解读速度！ Continue reading →

本期我们学习的文章是Integrated transcriptomic analysis of distance-related field cancerization in rectal cancer patients ，文章思路如下图所示：取肿瘤不同距离处样本，测序，找到表达量与距肿瘤远近相关的基因，然后进行功能注释、生存分析等等。

学习任务是：用lme4构建线性混合效应模型，找到表达量与距离相关的基因。 Continue reading →

以下笔记分享来自于2019-11月学徒：

因为国内需要下载GEO芯片原始数据，但是下载速度真的感人，只有几k。老是找海外的朋友又觉得不好意思，所以就看看github大神有没有什么办法，果然找到了！！！ Continue reading →

昨天我们在生信技能树解读了 从招聘信息看一个合格的生信工程师该会哪些 ，朋友圈有一小撮人冷嘲热讽，说辛辛苦苦学了那么多，工资也就万把块钱每个月。我就呵呵，谁让你当年选择了生物呢？本来应该是去卖保险信用卡股票期货的你，因为遇到了生信，有幸找到一份养家糊口的工作你还得寸进尺？好不容易你才走入了社会正常运转的一环，成为一个不可或缺的螺丝钉，对没有背景的你来说，已经是鲤跃龙门啦！ Continue reading →

原文链接在微信：https://mp.weixin.qq.com/s/KZ0H8BtMgAH4iActOuDLIA
自我隔离在家一个多月了，除了最开始号召粉丝在家里看视频搞学习，分享了 华清大学、京北大学联合发现：#学习R语言之数据挖掘可抑制新型冠状病毒#，因为确实宅家是目前有效的防范冠状病毒的手段之一。 Continue reading →

很多粉丝一直有一个疑问，为什么我全部的教程免费在生信技能树，生信菜鸟团，单细胞天地，而教学视频免费在B站，YouTube等。偏偏一个简单的生信入门反而收费，不过是讲解最基础的R包安装，数据类型，数据结构，函数，循环这样看起来烂大街的知识点而已。

• 详见：全国巡讲全球听（买一得五） ，你的生物信息学入门课！ Continue reading →

很多粉丝在询问是否能参加我们的 全国巡讲全球听（买一得五） 课程都喜欢问一个问题，自己的电脑比较旧了，能否跟得上课程。其实呢，如果仅仅是从授课角度，4G内存的电脑都ok的，但是你学了生物信息学这么强大的技术，如果还使用那么烂的电脑，我感觉你会陷入巧妇难为无米之炊的尴尬处境。早在两年前我就分享过 个人计算机推荐，然后很多人就此次抛弃了Windows，投入Mac的怀抱，但是呢，第一步居然把自己的Mac电脑安装一个Windows操作系统？？？ Continue reading →