前面我们假设自己的生物学背景不够，所以不需要把T细胞分成 “Naive CD4 T” , “Memory CD4 T” , “CD8 T”, “NK” 这些亚群，可以合并为T细胞 Continue reading →

最近在系统性整理单细胞转录组图谱计划，发现了一个有意思的数据共享方式，就是2018的小鼠单细胞图谱，文章标题是：《A single-cell transcriptomic atlas characterizes ageing tissues in the mouse》，链接 Continue reading →

转录组数据处理流程大家应该是耳熟能详了，拿到了测序fastq数据，质量控制，比对，然后定量拿到表达矩阵即可走差异分析流程， Continue reading →

大家在做差异分析结果比较的时候，喜欢看两次分析结果的基因交集，比如韦恩图。这样的简单粗暴的思考逻辑很容易理解，但是就会 Continue reading →

我们以 seurat 官方教程为例：

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太多人咨询基因的各种ID转换问题，在非模式生物的物种里面更麻烦，因为数据库注释资源并不权威。 Continue reading →

咱们《生信技能树》公众号一直缺乏宏基因组数据分析，还有蛋白质组学，代谢组的笔记，是时候补充起来了。主要是因为我们着重于基 Continue reading →

记录一下看到的单细胞文献里面有意思的数据分析现象，希望给读者朋友们也带来一点启发！ Continue reading →

以前我们做了一个投票：可视化单细胞亚群的标记基因的5个方法，下面的5个基础函数相信大家都是已经烂熟于心了： Continue reading →

很多时候，我们都没办法很快判断seurat默认聚类分群后的每个亚群的生物学命名，会短暂的把大家先归纳为一个大类，比如肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则，按照 ： Continue reading →

有人提问，他自己做单细胞的gsva, 细胞通讯，转录因子，拟时序, inferCNV这些分析，发现特别的消耗计算资源，因为项目很多，每个细胞亚群都是过万的细胞。希望可以这些单细胞亚群进行抽样，使得其细胞数量一致。 Continue reading →

我们生信技能树已经有多位大神发表了自己的网页工具，其中基于R语言的shiny框架是比较适合初学者的，而且手把手的教程不少： Continue reading →

看到单细胞转录组测序数据的文献：《Single-cell sequencing links multiregional immune landscapes and tissue-resident T cells in ccRCC to Continue reading →

客户寄送了80个10X单细胞转录组样品的fastq数据给我，本来是想着恰好五一把cellranger流程挂起来，我们也是在单细胞天地公众号详细介绍了cellranger全部使用细节及流程，大家可以自行前往学习，如下： Continue reading →

我最近看到了一个综述，在讨论 TNFSF15 基因 ，亦称TL1A或VEGI(血管内皮细胞生长抑制因子)，为肿瘤坏死因子超家族成员之一。 Continue reading →

年前立下的flag，说要把明码标价专栏扩充到100个项目： Continue reading →

如果你也是hg19和hg38傻傻的分不清，可以先看看我五年前的博客介绍： Continue reading →

眼尖的小伙伴已经看到了我们的b站免费视频课程《临床生存分析》啦，而且开始发邮件给我申请课程配套代码和数据！
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前面的明码标价服务以数据分析为主： Continue reading →

最近学员群又有人问到了 Agilent-012391 Whole Human Genome Oligo Microarray G4112A 这样的芯片数据，我让学生打包数据成为rdata发给我，我检查了一下，发现里面的基因ID其实是有问题的，如下所示： Continue reading →