前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析，而且了解了自己的项目的样本数量和测序量，还过滤了不合格的细胞和基因， 教程目录如下：

• 上游分析流程
• 课题多少个样品，测序数据量如何
• 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要）
• 过滤线粒体核糖体基因 Continue reading →

前列腺癌是一种相对惰性的恶性肿瘤，但是一旦其进入晚期，治疗将会变得十分棘手。虽然大多数晚期前列腺癌患者对内分泌治疗都有很好的反应，但在治疗18～24个月后几乎所有患者最终都将进展为去势抵抗性前列腺癌（CRPC），而一旦进展为CRPC，一半患者将难以活过两年。因此，识别哪种前列腺癌更易进入CRPC，并对此及早进行积极的综合治疗是延长生存期的重要环节。 Continue reading →

本文首发于生信菜鸟团公众号，直达链接是https://mp.weixin.qq.com/s/NaZ5kz3ew2O01cFEnK8sXg

今天接到浙江大学的学徒求助，他在学习 TooManyCellsR 包和 too-many-cells 软件的过程中遇到了一个很有趣的问题，就是这个软件的输入必须是 cellranger 的三个结果文件，matrix.mtx，barcodes.tsv 和 genes.tsv。而有些公共数据并不会提供3个数据，比如: SE117988_raw.expMatrix_PBMC.csv.gz , 就是 10x的表达矩阵。 Continue reading →

我一直强调，编程基本功必须得看工具书，而且是需要看五本以上，甚至部分书籍需要看五遍以上！比如我在生信分析人员如何系统入门R(2019更新版) 里面给初学者的知识点路线图如下： Continue reading →

昨天我们生信技能树分享了 TCGA数据库免疫相关文件下载大全，里面给出来了2018年4月Immunity杂志上发表的文章The Immune Landscape of Cancer 整理好的49G的TCGA数据库文件，其中一个是甲基化信号值矩阵，单个文件就39G。 Continue reading →