cDNA 详解
我一直强调生物信息学工程师需要理解:基因,转录本(transcripts,isoform,mRNA序列)、EXON区域,cDNA序列、UTR区域,ORF序列、CDS序列
这些概念,一个基因可以转录为多个转录本,真核生物里面每个转录本通常是由一个或者多个EXON组成,能翻译为蛋白的EXON区域是CDS区域,不能翻译的那些EXON的开头和结尾是UTR区域,翻译区域合起来是ORF序列,而转录本逆转录就是cDNA序列。 Continue reading
我一直强调生物信息学工程师需要理解:基因,转录本(transcripts,isoform,mRNA序列)、EXON区域,cDNA序列、UTR区域,ORF序列、CDS序列
这些概念,一个基因可以转录为多个转录本,真核生物里面每个转录本通常是由一个或者多个EXON组成,能翻译为蛋白的EXON区域是CDS区域,不能翻译的那些EXON的开头和结尾是UTR区域,翻译区域合起来是ORF序列,而转录本逆转录就是cDNA序列。 Continue reading
在李程老师的生物信息学平台社群看到了北京大学生科院《基因组学数据分析》,目录就勾起了我的学习欲望,独乐乐不如众乐乐,在得到李老师的同意后,现在在生信技能树平台分享这个课程。 Continue reading
RStudio Edition : Desktop
RStudio Version : v 1.1.383 (一直懒得更新)
OS Version : macOS 10.14 (18A391) (总是被迫更新)
R Version : 3.5.1 (2018-07-02)(现在可以更新到3.5.2了)
library(rJava)
> library(rJava)
arning: Error in : package or namespace load failed for ‘qdap’:
.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
Reason: image not found
轻轻松松就谷歌搜索到前辈的经历:https://github.com/rstudio/rstudio/issues/2254
很简单,按照最高票答案,在我的mac终端输入:sudo R CMD javareconf
代码即可,但是二次报错
trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/darwin
detected JNI linker flags : -L/Users/jmzeng/Library/Java/Extensions -L/Library/Java/Extensions -L/Network/Library/Java/Extensions -L/System/Library/Java/Extensions -L/usr/lib/java -L. -ljvm
xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
Unable to compile a JNI program
还是很明显,是xcrun问题,这个小毛病第十几次遇到了,每次更新macos系统都来一次,还是老规矩,使用代码;xcode-select --install
安装即可。
本来我的conda环境里面安装的deeptools一直可以用,突然间就想安装samtools,发现之前的deeptools就开始报错 Continue reading
无论RPKM或FPKM多么的遭人诟病,它的真实需求还是存在, 那么我们该如何合理的定义基因的长度呢?
这个时候需要理解:基因,转录本(transcripts,isoform,mRNA序列)、EXON区域,cDNA序列、UTR区域,ORF序列、CDS序列
这些概念,一个基因可以转录为多个转录本,真核生物里面每个转录本通常是由一个或者多个EXON组成,能翻译为蛋白的EXON区域是CDS区域,不能翻译的那些EXON的开头和结尾是UTR区域,翻译区域合起来是ORF序列,而转录本逆转录就是cDNA序列。 Continue reading
癌症研究方法 :http://kidsgenomics.org/genomic-landscape-pediatric-cancers/ Continue reading
感觉好像每隔几年学术界就掀起了一阵批判P值的讨论,正好我这里有个例子,分享给大家。
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