为什么要做这个计算
大家都知道在真核生物里面，一个基因有多个转录本，每个转录组又是由不同的外显子组合而成，以前老旧的RNA-seq分析流程比较喜欢用RPKM值来量化表达量。大家很容易可以搜索到RPKM的公式，里面考虑到了基因长度。 Continue reading
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Daily Archives: 2018年5月30日
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把vcf文件转换为maf格式
假设已经安装了VEP软件，对自己的vcf进行了注释，然后就可以进行转换：
https://github.com/mskcc/vcf2maf
安装GitHub上面的小工具 Continue reading
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STAR的速度为何如此诡异
同样的fastq文件大小，时间完全不一样！
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多位点取样测序看肿瘤异质性的文章合辑
There are at least three types of intratumoral genetic heterogeneity
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reactome数据库更新啦
reactome数据库更新啦
发表在 Nucleic Acids Research, January 2018, , https://doi.org/10.1093/nar/gkx1132 Continue reading
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car包中的三个函数改善线性与异方差性。
在《R in action》一书中提及了car包中的三个函数powerTransform()，boxTidwell(),spreadLevelPlot()来改善线性与异方差性。 Continue reading
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这可能是最易于理解的肿瘤异质性参考资料了
来自于Florian的博客： https://scientificbsides.wordpress.com/ Continue reading
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校正批次效应
但很多时候，数据分析者往往身不由己。 Continue reading