24

一个标准的TCGA大文章应该做哪些数据?

很多人总是问我如何挖掘TCGA的数据,发文章!
可是他却连TCGA的数据是怎么来的都不知道,TCGA发了几十篇CNS大文章(自己测序的)了,每篇文章都有几百个左右的癌症样本的6种数据,这几年凑成了一万多个样本,都放在GDC里面可以任意下载。同时也出来了十几篇TCGA的数据挖掘大文章(主要包括亚型,driver mutation,假基因等新型研究领域)
那么一篇标准的一个标准的TCGA大文章应该自己测哪些数据?
其实稍微仔细浏览几篇文章就明白了,套路也是存在的,https://tcga-data.nci.nih.gov/docs/publications/
我们就以2013年发表在新英格兰杂志上面的Genomic and Epigenomic Landscapes of Adult De Novo Acute Myeloid Leukemia 为例子吧!

Continue reading