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测序深度和GC含量的问题!【直播】我的基因组 47

在前面我们提到了用ChIP-seq的分析方法可视化了一下我的WGS数据,结果我们的测序深度分布居然是跟基因组的genomic feature相关的~~~
比如在TSS附近,就很明显看到了一个测序深度峰值,那么前面我们并没有给出直接的解答,而且简单的提了一下这是二代测序的特点,GC含量片段偏好性!
作为一个合格的生物信息学工程师,我当然要把这个理论用自己的代码和数据来亲身实践一遍~
我首先把全基因组的bam文件用mpileup模式输出,根据1000bp的窗口滑动来统计每个窗口的测到的碱基数,GC碱基数,测序总深度!
代码比较复杂,一般人可能理解不来的!

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