十一 07

mysql的table居然有最大列限制

想着把TCGA的RPKM值矩阵表格写入到mysql,然后做一个查询网页给生物学家,我下载的是所有TCGA收集的mRNA表达数据集数据集-GSE62944 ,共9264个癌症样本,和741个正常组织的表达数据。当我想写入癌症表达矩阵的时候,报错了:
Error in .local(conn, statement, ...) :
could not run statement: Too many columns
简单搜索了一下,发现是mysql有最大列的限制,但是我不是很懂计算机,所以没太看明白该如何调整参数使得mysql列限制扩充:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/column-count-limit.html 所以就把癌症表达矩阵根据癌症拆分了,癌种数量如下:

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十一 07

【直播】我的基因组(五):测试数据及参考基因组的准备

我的全基因组数据还没拿到,而且还会推迟,简单说(tu)明(cao)一下原因(还好当初为了避免广告嫌疑一直没说是哪个公司负责测序,反正用的是illumina的hiseqX10这个测序啦,所以可以尽情的吐槽)。

心烦意乱的吐槽线 Continue reading