最近看到一个文章，标题是：《Comprehensive circular RNA profiling reveals the regulatory role of the circRNA-000911/miR-449a pathway in breast carcinogenesis》，发表于February 5, 2018 https://doi.org/10.3892/ijo.2018.4265 实验设计超级简单： Continue reading →

去年我在《生信技能树》给学员分享过一个案例：GSE16561 复现，小众的illumina bead芯片，链接在：http://www.bio-info-trainee.com/7483.html ，当时大费周折才拿到跟其数据集原始文献类似的结果，已经是很满意了。最近把这个数据集作为任务安排给最新学徒们，他们反馈给我的结果让我丈二和尚摸不着头脑，居然是百分百还原文献结果，如下所示的差异基因列表： Continue reading →

通常我们拿到一个全新服务器，要给大家使用，需要配置最新版R环境，代码如下：

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有一些学生的Linux功底实在是太差了，所以我不得不重启六年前的《生信工程师》面试题给他们练习，有一个题目就是探索gtf。有意思的是学生们给我反馈了有几个基因居然既是lncRNA又是protein_coding。

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大家应该是注意到了我们最近两周在《生信菜鸟团》紧锣密鼓的福利轰炸：
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看到于2020年11月发表在杂志《nature cancer》的文章：《Mutations in BRCA1 and BRCA2 differentially affect the tumor microenvironment and response to checkpoint blockade immunotherapy》里面有全基因组测序数据，文献链接是：https://www.nature.com/articles/s43018-020-00139-8 Continue reading →

最近共享了一些服务器，主要是唐医生的功劳，已经成功运行3台：
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前面我们通过RcisTarget包的 cisTarget()函数，一句代码就完成了我们的hypoxiaGeneSet.txt文本文件的171个基因的转录因子注释。见：基因集的转录因子富集分析

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好久没有写TCGA数据库教程了，因为TCGA计划早在2017年就陆陆续续停止了，我那个时候写了几百个教程并且录制了视频。

• 我三年前的TCGA教学视频课程B站地址：https://www.bilibili.com/video/av49363776
• 售后文档记录 https://docs.qq.com/doc/DYkVzUmZLWlhRRXVz 请先通读文档后再发问
• 我这边备份的TCGA数据来源于xena，ucsc的，都在，https://share.weiyun.com/5zLnKmO

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最近收到读者求助，说他感兴趣的表达量芯片数据集用到的的芯片是：[HT_HG-U133_Plus_PM] Affymetrix HT HG-U133+ PM Array Plate ，看起来跟我们授课的 hg133plus2比较类似。

但是很明显，看主页信息，一点都不简单 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL13158 Continue reading →

看到于2017年发表在Cancer Res 杂志的文章；E3 Ubiquitin Ligase UBR5 Drives the Growth and Metastasis of Triple-Negative Breast Cancer. 做的是肿瘤外显子数据，最后是： An analysis of primary TNBC specimen by whole-exon sequencing revealed strong gene amplifications of UBR5 associated with the disease. Continue reading →

生存分析你还是在TCGA吗？

最近有粉丝求助说他研究乳腺癌做了单细胞转录组数据，定位到了一个稀有细胞亚群，先看它感兴趣的亚群细胞特异性基因的临床意义，问我有没有除了TCGA数据库之外的其它数据库资源推荐。恰好我做这方面就顺手检索了一下，发现了 curatedBreastData 包，值得推荐！

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一般来说，大家拿到了感兴趣的基因集后，通常是做超几何分布检验看看富集到了什么生物学功能数据库，比如KEGG或者GO数据库，或者走gsea/gsva这样的富集分析，也是注释生物学功能数据库。 大家读我的表达芯片的公共数据库挖掘系列推文应该是够多了：

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最近一直在这里细胞通讯分析相关软件工具及原理，看到不同细胞亚群的网络图，就以为是细胞通讯分析。
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我有一个 免费视频课程《ChIP-seq数据分析》 ，其视频观看方式：
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不知道还有多少人记得上半年的活动：0元，10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》，可能是因为免费所以大家都不珍惜吧，实际上参加这个活动的人数还不到200 ，连一个微信群都装不满！！！
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前段时间，我们分享了: 确实很吸引眼球，也引发了广泛的讨论，见：狼来了！聊个天就能做生信分析的人工智能是否要替代一大波生信人员？
但实际情况是，我们的各个交流群仍然是充斥着“显而易见”的初学者问题，人工智能的出现并不能帮我们减轻工作量。而且我搞出来的群有点太多了，每一个ngs组学教学视频都免费在B站，就同步组建好交流群，见： Continue reading →

在教程 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则，这个第一次分群规则是 ：

• immune (CD45+,PTPRC),
• epithelial/cancer (EpCAM+,EPCAM),
• stromal (CD10+,MME,fibo or CD31+,PECAM1,endo) Continue reading →

一般来说， 遗传变异位点注释软件我会介绍ANNOVAR和VEP，以及snpEFF，他们三个的引用是最多的。并不是说就他们3个软件可以做遗传变异位点注释啦，比较知名的还有GEMINI以及SeqAnt，也是萝卜青菜各有所爱哈。
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粉丝来信求助，他感兴趣的一个数据集的芯片平台是：GE Healthcare/Amersham Biosciences CodeLink Human Whole Genome Bioarray，链接是：GPL2895

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