人的CD分子基因信息简介!

CD分子吧,它是Clusters of Differentiation的简写,是指一组分化抗原的家族,目前该家族已经有CD1——CD350甚至更多的成员.他们分布于T细胞等免疫细胞表面,参与免疫细胞各种表达,其中有整合素、受体、配体等蛋白分子,在免疫应答反应中参与识别、粘附和信号转导等功能.

我这里简单讲讲如何整理它们的基因信息,首先从NCBI里面下载的人的gene_info文件,然后通过脚本来查找CD分子信息。

perl -alne '{if (/\tCD\d+/ or /CD\d+\|/ ) {print}}' human_gene_info >CD.info

cut -f 2-5 CD.info >CD.table

再根据CD分子的排序把我们的信息重新排序

perl -alne '{/CD(\d+\w)/;$hash{$1}=$_}END{print $hash{$_} foreach sort {$a <=> $b}keys %hash}' CD.table >CD.table.sort

然后我发现了一个很有趣的问题,它们都是负义链上面的基因!

 

entrez ID gene symbol 正负链
911 CD1C - BDCA1|CD1|CD1A|R7
913 CD1E - CD1A|R2
909 CD1A - CD1|FCB6|HTA1|R4|T6
912 CD1D - CD1A|R3
910 CD1B - CD1|CD1A|R1
9266 CYTH2 - ARNO|CTS18|CTS18.1|PSCD2|PSCD2L|SEC7L|Sec7p-L|Sec7p-like
30011 SH3KBP1 - CD2BP3|CIN85|GIG10|HSB-1|HSB1|MIG18
23607 CD2AP - CMS
89886 SLAMF9 - CD2F-10|CD2F10|CD84-H1|CD84H1|SF2001
10849 CD3EAP - ASE-1|ASE1|CAST|PAF49
445347 TARP - CD3G|TCRG|TCRGC1|TCRGC2
915 CD3D - CD3-DELTA|IMD19|T3D
920 CD4 - CD4mut
922 CD5L - AIM|API6|PRO229|SP-ALPHA|Spalpha
925 CD8A - CD8|Leu2|MAL|p32
927 CD8BP - CD8B2
54675 CRLS1 - C20orf155|CLS|CLS1|GCD10|dJ967N21.6
3681 ITGAD - ADB2|CD11D
3683 ITGAL - CD11A|LFA-1|LFA1A
3684 ITGAM - CD11B|CR3A|MAC-1|MAC1A|MO1A|SLEB6
3687 ITGAX - CD11C|SLEB6
290 ANPEP - APN|CD13|GP150|LAP1|P150|PEPN
115708 TRMT61A - C14orf172|GCD14|Gcd14p|TRM61|hTRM61
2526 FUT4 - CD15|ELFT|FCT3A|FUC-TIV|FUTIV|LeX|SSEA-1
2215 FCGR3B - CD16|CD16b|FCG3|FCGR3|FCR-10|FCRIII|FCRIIIb
4055 LTBR - CD18|D12S370|LT-BETA-R|TNF-R-III|TNFCR|TNFR-RP|TNFR2-RP|TNFR3|TNFRSF3
930 CD19 - B4|CVID3

 

 

 

 

 

 

 

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