这个是有着非常成熟的流程了，我就不细讲了！

我们随机挑选两个文件来跑一下CHIP-seq的流程吧，其中一个是.部分进行免疫共沉淀前的DNA（input DNA）作为空白对照。

5.5G Apr 30 10:31 Xu_WT_rep2_BAF155.fastq

18G Feb 13 20:37 Xu_WT_rep2_Input.fastq

首先进行质量控制，过滤低质量的reads

这里我选取的是DynamicTrim.pl 和

脚本如下

for id in *fastq

do

echo $id

perl DynamicTrim.pl $id

done

接下来

for id in *.trimmed

do

echo $id

perl LengthSort.pl $id

Done

这样就得到了过滤后的reads，可以进行比对啦！

当然，中间文件可以删掉啦，不然太占空间了，我还只是取了两个数据，要是把这个文章的八个数据都跑完就太纠结了。

然后用bowtie比对

#samtools faidx hg19.fa

#Bowtie2-build hg19.fa hg19

for i in *single

do

bowtie2 -x /home/jmzeng/ref-database/hg19 -U $i -S  $i.sam

samtools view -bS $i.sam> $i.bam

done

输出的bam文件就需要用MASC这个软件来找peak了