搜索学习其他学者的RNA数据处理流程(包括原始数据、脚本、中间文件)

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一:原始数据

是谷歌里面无意中搜索到的,是某个物种的RNA数据,不是很大,但是里面有所有的分析流程,非常方便,对原始reads进行了组装,和注释。

http://moana.dnsalias.org/~sgeib/Anth_RNAseq/Run2.1/RawData/

打开网址可以看到raw data的下载链接

QQ截图20150309220349

 

二:中间文件

可以清楚的看到所有的流程操作手册

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要是有空,可以对它们做一次检验,需要的空间不大40多个G的空间即可。

它是通过solexaQA套件中的两个perl程序来过滤reads的

它过滤之前和过滤之后都用来fastqc来进行质控画图

过滤之后的数据量如图所示

对这些reads进行trinity组装好得到转录本信息,是312M的数据量

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转录本的统计信息如下

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三:处理流程

搜索其他学者的RNA数据处理流程1092

四:所有的脚本,有兴趣的同学可以自行下载慢慢解读

搜索其他学者的RNA数据处理流程1082

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