NCBI的blast++软件使用说明书

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NCBI的blast++软件的使用

目录

一：下载安装该软件

二：准备数据

三：运行命令

四：输出文件解读

正文

一：下载安装该软件

在NCBI的ftp站点里面可以找到blast++的下载链接

wget  ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz

我们一般选择适合我们操作系统的二进制版本，解压即可使用

NCBI的blast使用414

可以把它们添加到PATH，前提是有root权限，或者把该目录添加到PATH也行。

cp  *  /home/jmzeng/my-bin/bin/

我把my-bin添加到了我的PATH，所以可以直接使用这些程序了
二：准备数据

只需要fasta文件的数据即可，query和target都可以是该fasta文件，可以随便找两个fa文件做测试

三：运行命令

1，建库，用makeblastdb，标准是

makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname

具体参数看help里面的，但是我们一般用这几个就够了的

NCBI的blast使用953

我的例子 ：对200M的蛋白文件

makeblastdb -in uniprot_sprot.trinotate_v2.0.pep -dbtype prot -parse_seqids -out sprot

NCBI的blast使用1255

输出的文件如下，基本不需要看，反正调用的时候只用sprot这个

NCBI的blast使用1489

对8G的uniref90，

makeblastdb -in uniprot_uniref90.trinotate_v2.0.pep -dbtype prot -parse_seqids -out uniref90

NCBI的blast使用1794

2，比对分为好几种，blastn, blastp,blastx，tblastn，tblastx

  • blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
  • blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
  • blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

参数说明:

  • -query： 输入文件路径及文件名
  • -out：输出文件路径及文件名
  • -db：格式化了的数据库路径及数据库名
  • -outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应BLAST的m8格式
  • -evalue：设置输出结果的e-value值
  • -num_descriptions：tabular格式输出结果的条数
  • -num_threads：线程数

四：输出文件解读

重点是-outfmt 6，也就是之前版本的m 8格式

结果中从左到右每一列的意义分别是：

  • [00] Query id
  • [01] Subject id
  • [02] % identity
  • [03] alignment length
  • [04] mismatches
  • [05] gap openings
  • [06] q. start
  • [07] q. end
  • [08] s. start
  • [09] s. end
  • [10] e-value
  • [11] bit score

 

 

 

 

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