25

RNA-seq流程需要进化啦!

Tophat 首次被发表已经是6年前

Cufflinks也是五年前的事情了

Star的比对速度是tophat的50倍,hisat更是star的1.2倍。

stringTie的组装速度是cufflinks的25倍,但是内存消耗却不到其一半。

Ballgown在差异分析方面比cuffdiff更高的特异性及准确性,且时间消耗不到cuffdiff的千分之一

Bowtie2+eXpress做质量控制优于tophat2+cufflinks和bowtie2+RSEM

Sailfish更是跳过了比对的步骤,直接进行kmer计数来做QC,特异性及准确性都还行,但是速度提高了25倍

kallisto同样不需要比对,速度比sailfish还要提高5倍!!!

参考:https://speakerdeck.com/stephenturner/rna-seq-qc-and-data-analysis-using-the-tuxedo-suite

07

搜索学习其他学者的RNA数据处理流程(包括原始数据、脚本、中间文件)

搜索其他学者的RNA数据处理流程(包括原始数据、脚本、中间文件)

一:原始数据

是谷歌里面无意中搜索到的,是某个物种的RNA数据,不是很大,但是里面有所有的分析流程,非常方便,对原始reads进行了组装,和注释。

http://moana.dnsalias.org/~sgeib/Anth_RNAseq/Run2.1/RawData/

打开网址可以看到raw data的下载链接

QQ截图20150309220349

 

Continue reading