华大soap系列的比对软件

也不知道是什么原因,对国产软件总是提不起兴趣,所以尽管SOAP系列都已经发展到了十几个软件了,我依然没有去试用一下。

软件下载:
官网直接找到:http://soap.genomics.org.cn/
SOAPaligner/soap2 is a member of the SOAP (Short Oligonucleotide Analysis Package).
很久以前,大家说soap其实指的是类似于bwa这样的比对工具,但是后来这个工具箱丰富了,所以我们现在如果只看比对工具,要看的是SOAPaligner
我是linux系统,用wget下载:wget http://soap.genomics.org.cn/down/soap2.21release.tar.gz
解压,由于下载是可执行程序,就不需要安装啦!
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安装之后把该软件添加到环境变量!
输入数据:
这里选择两个网络上的测试数据:
如果是真想用这个软件的话,需要参考基因组和测序数据,这个链接貌似已经年久失修啦~!
# download a test reference genome (TAIR9 Chromosome 1)
wget 
http://biocluster.ucr.edu/~tbackman/query.fastq 
# download some test Illumina reads from Arabidopsis

运行命令:

2bwt-builder genome.fasta
   # create binary of reference genome
soap -a query.fastq -D genome.fasta.index -o output.soap
   # align query to genome and store output

结果解读:

由于测试数据没有下载下来,我安装了软件就懒得玩了,其实正经的来讲,应该写一个详细的测评,包括软件运行速度,比对准确率,等等,不过那样做就是发paper的节奏了,我随便玩玩,就算啦。
不过soap是一直在更新的,所以我相信他比对的结果,肯定是sam格式的。
所以结果就不用解读啦!

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