GSEA这个java软件使用非常方便，只需要根据要求做好GCT/CLS格式的input文件就好了。我以前也写个用法教程：
但说到统计学原理，就有点麻烦了，我试着用自己的思路阐释一下：
假设芯片或者其它测量方法测到了2万个基因，那么这两万个基因在case和control组的差异度量(六种差异度量，默认是signal 2 noise，GSEA官网有提供公式，也可以选择大家熟悉的foldchange)肯定不一样,那么根据它们的差异度量，就可以对它们进行排序，并且Z-score标准化，在下图的最底端展示的就是